In datzelfde jaar trouwde hij met zijn nicht, prinses Caroline Mathilde, een zuster van koning George III van Groot-Brittannië en Ierland, toen vijftien jaar oud. Beiden waren kleinkinderen van George II. Christiaan was een zoon van Georges dochter Louise en Caroline Mathilde was een dochter van Georges zoon Frederik.
In 1768 werd Johann Friedrich Struensee koninklijke lijfarts. Deze arts kreeg een steeds grotere invloed op de koning, die mentaal erg labiel was. Van 1770 tot 1772, toen hij ten val werd gebracht, regeerde Struensee als minister van staat in feite eigenmachtig over Denemarken. In die periode probeerde hij de ideeën van de Verlichting in het Deense koninkrijk ingang te doen vinden. Hij schafte de censuur af, beperkte de eigendomsrechten, bezuinigde op het leger, verbood foltering en voerde in deze korte periode nog veel meer hervormingen door. Uiteindelijk riepen deze zoveel weerstand op dat hij ten val werd gebracht door het hof, op initiatief van koningin-weduwe Juliana Maria van Brunswijk, stiefmoeder van de koning, en Guldberg, de privéleraar van haar zoon Frederik. Struensee werd wegens majesteitsschennis, vanwege een relatie met koningin Caroline, en machtsmisbruik ter dood veroordeeld. Hij werd onthoofd op Østre Fælled in Kopenhagen op 28 april 1772. Ook zijn vriend Brandt (eveneens een verlicht denker) is daar onthoofd. Het huwelijk tussen Christiaan en Caroline Mathilde werd ontbonden.
Over het lot van Caroline Mathilde werd langdurig onderhandeld tussen het Koninkrijk Groot-Brittannië en Denemarken. Caroline Mathilde werd ten slotte naar Celle in het Keurvorstendom Brunswijk-Lüneburg gebracht waar ze tot haar dood in het kasteel woonde. Op 10 mei 1775 overleed ze onverwacht aan een besmettelijke koortsziekte. Ze was toen drieëntwintig jaar oud. Ze heeft haar kinderen nooit teruggezien.
De macht werd overgenomen door een staatsraad, waarvan de koningin-weduwe Juliana Maria, haar zoon Frederik, en Guldberg deel uitmaakten. De laatste werd de feitelijke machthebber en hij maakte een einde aan de meeste hervormingen van Struensee, tot hij zelf in 1784 ten val werd gebracht en kroonprins Frederik op 16-jarige leeftijd de macht naar zich toe trok, en alsnog allerlei verlichte ideeën doorvoerde. Christiaan VII, die formeel nog steeds de macht had, overleed op 13 maart 1808 aan een beroerte, waarop zijn zoon Frederik koning werd als Frederik VI.