Na tweemaal kinderloos te zijn gescheiden, als prins en kroonprins, trouwde hij in 1850 met een burgermeisje Louise Rasmussen, dat verder door het leven zou gaan als Gravin Danner en nog een inspirerende rol zou spelen in de geschiedenis van Denemarken. Omdat de absolute monarchie tot een einde was gekomen, werden alle kroondomeinen verkocht. De koning kocht het landgoed Jægerspris en ging daar wonen met zijn vrouw Louise. Na haar dood in 1874 werd op haar verzoek in haar testament de 'Koning Frederik VII Stichting' (Kong Frederik VII Stiftelse) opgericht. Het kasteel met de werkkamers van Frederik VII moest onberoerd blijven en is nu een museum. Het enorme landgoed, ruim 2000 hectare bos en ruim 1500 hectare landerijen, was de grootste donatie ten behoeve van kinderen ooit. Er werd een soort speciaal dorpje gebouwd dat voornamelijk bekend werd als tehuis voor 'gevallen' jonge vrouwen.
Frederik VII stierf zonder wettelijke kinderen, hij had één buitenechtelijke zoon die niet in aanmerking kwam voor erfopvolging. De vorst werd na zijn dood in 1863 opgevolgd door prins Christiaan (IX) van Glücksburg.