2020년 3월 18일, 부산광역시 사상구 삼락동(낙동강 동쪽)의 하저터널 피난구 공사 현장에서 지반 침하 사고가 발생하였다고 알려졌다.[6]
이후 실제로는 단순한 지반 침하가 아니라, 피난터널뿐 아니라 본선용 터널까지 일부 붕괴된 큰 사고였음이 알려지면서 논란이 일었다.[7][8][9]
같은 해 6월 21일, 붕괴 원인 조사를 위한 진입로 확보 작업 중 민간 잠수부가 사망하는 사고가 이어졌다.[10] 현재 붕괴 원인을 조사하는 한편, 토양 동결 공법으로 터널을 재공사하고 있다.[11]
전동차 운행 여부 문제
국토해양부는 2009년에 이 노선에 운행할 열차를 준고속열차(KTX-이음)로 확정하였으며[12], 실제로 이 노선의 신설 역사 승강장에는 통근형 전동차가 정차할 수 없는 규격의 승강장 안전문만 설치되고 있었는데, 부산시와 경상남도는 일반 열차 방식을 채택했지만, 정부는 배차간격이 90분인 준고속열차 투입을 고수했다. 하지만, 배차 간격이 너무 길고 요금 자체가 광역전철보다 더 비싸다는 지적이 이어지면서, 일반열차를 추가로 투입해 운행 간격을 30분대로 줄이는 방안이 추진됐다.
