8世紀にインドの高僧パドマサンババがこの地を通った時、山河が素晴らしかったのでここに留まり修行をして、ここがラサに次ぐ都市となると予言したという。1349年、パクモドゥパの大司徒チャンチュプ・ギェルツェンがここに都市を建設し、その名を「至高の如意成就荘園」を意味する「シーガ・サムトゥン・ドゥッペー・ツェモ (gzhis ka bsam don 'grub pa'i rtse mo)」とした。現行の正式呼称「シガツェ (gshis ka rtse)」はその略称である。1563年には、ツァントェ王 (gtsang stod rgyal po)を自称するニャクパ(シンシャクパ)政権の拠点となり、大きく発展した。1642年、ゲルク派信者のグシ・ハンによって陥落した際、壮麗な王宮は破壊されたが、以後もタシルンポ寺の門前町として繁栄した。現在はチベット(西蔵)自治区シガツェ市の地方行政機構の所在地である。