Stríðsreksturinn í Svíþjóð og gegn Hansasambandinu var byrði á aðlinum í Noregi og Danmörku og á endanum gerði aðallinn á Jótlandi uppreisn og bauð frænda hans Friðriki greifa af Holtsetalandi konungdóminn. Kristján flúði til Hollands og dvaldi þar í útlegð. Hann gerði tilraun til að endurheimta krúnuna í árið 1531 sem endaði með uppgjöf árið eftir og fangelsun í Sønderborg-kastala og síðan Kalundborg til dauðadags. Greifastríðið (1534 til 1536) var háð til að reyna að koma honum aftur til valda, gegn syni Friðriks, Kristjáni 3.
Kristján 2. átti hollenska ástkonu sem hét Dyveke og var dóttir Sigbritar Villomsdóttur. Kristján hitti hana í Björgvin í Noregi1507 (eða 1509) og varð hún frilla hans sömu nótt. Hún dó 1517 eftir að hafa borðað eitruð kirsuber, að talið er. Úr því varð mikil rekistefna. Kristján ákærði höfuðsmann Torben Oxe fyrir að hafa eitrað fyrir henni, og var hann dæmdur og hálshöggvinn.