Kristjáni 3. tókst að ná friðarsamningum við Lýbiku og gat þannig losað nokkurn herstyrk til að halda gegn uppreisnarmönnum. Undir stjórn Johans Rantzau elti konungsherinn her Klements til Álaborgar þar sem hann bjóst til varnar. 18. desember réðist her Rantzaus á bæinn og náði honum á sitt vald. Klement var handtekinn og tekinn af lífi 1536. Í janúar1535 réðist Gústaf Vasa 1. inn í Skán til stuðnings Kristjáni 3. og herjaði þar á stuðningsmenn hans. 11. júní1535 var afgangurinn af her Kristófers greifa sigraður í orrustunni við Øksnebjerg.
Kaupmannahöfn og Málmey héldu þó áfram mótstöðu til 1536 þegar þær gáfust upp eftir margra mánaða umsátur.