A franciaországi világbajnokság után a Serie A-ban szereplő Perugia-hoz szerződött. Nakata volt a második japán labdarúgó Miura Kazujosi után, aki az olasz bajnokságban játszhatott. Első idényében 10 gólig jutott.
2000 januárjában, a Perugiában eltöltött másfél év után, Nakata az AS Romában folytatta pályafutását. Csapatával megnyerte a bajnokságot: a Juventus elleni 2001. május 6-ai mérkőzésen, Francesco Totti cseréjeként beállva 0–2-es állásnál szépített és az egyenlítő gólból is kivette a részét. 2001-től két és fél éven keresztül Parmaban futballozott.
2004 januárjában kölcsönben a Bologna játékosa lett, ahol a 2003–04-es idény hátralévő részét töltötte. A következő szezonban már a Fiorentina csapatát erősítette.
A felnőtt válogatottban 1997. májusában mutatkozott be egy Dél-Korea elleni mérkőzésen.[1] Tevékeny részt vállalt abból, hogy Japán története során először jutott ki világbajnokságra 1998-ban. Összesen 5 gólt szerzett a selejtezőkben, melyből hármat az Irán elleni pótselejtezőn. Tagja volt az 1998-as labdarúgó-világbajnokságra utazó japán keretnek. Részt vett a 2000-es nyári olimpiai játékokon.
Segített abban, hogy Japán a 2001-es konföderációs-kupán bejusson a döntőbe. A végső megmérettetés előtt azonban elhagyta a nemzeti csapatot, hogy visszatérjen Rómába a bajnokság utolsó mérkőzésére.[2]
A 2006-os labdarúgó-világbajnokságon csapata mindhárom csoportmérkőzésén játszott. A torna után 2006. július 3-án bejelentette visszavonulását a profi labdarúgástól.[3]
.svg){kind=small}
