1 A felnőtt klubokban játszott mérkőzések és gólok csak a bajnoki mérkőzések adatait tartalmazzák. Utolsó elszámolt mérkőzés dátuma: 2015. január 1. 2 Utolsó elszámolt válogatott mérkőzés dátuma: 2015. január 1.
Ono a Sizuoka prefektúrában nőtt fel, és 1998-ban az Urawa Red Diamondsban kezdte pályafutását. Ugyanebben az évben ő lett a legfiatalabb japán játékos, aki pályára lépett az 1998-as világbajnokságon. 2001-ben a holland Feyenoordhoz igazolt. 2002-ben UEFA-kupát nyert a rotterdami klub játékosaként. Az ezt követő időszakban több sérülés is hátráltatta, majd miután a 2004-05-ös szezon nagy részét is ki kellett hagynia, a klub eladta.[3]
Két év múlva visszatért Európába, a német Bochum játékosa lett. 2008. február 3-án mutatkozott be a Bundesligában. A következő két évben csak 34 tétmérkőzést tudott játszani sérülései miatt, majd a 2009-10-es idény téli szünetében kérte szerződése felbontását, hogy visszatérhessen hazájába.[5]
2010. január 9-én a Shimizu S-Pulse igazolta le.[6] Egy interjúban később úgy nyilatkozott, hogy legfőképpen az otthon élő felesége és gyermeke miatt szeretett volna hazatérni Japánba.[7]
2012. szeptember 28-án kétéves szerződést írt alá az ausztrál Western Sydney Wanderershez, akik a német Michael Ballack helyett szerződtették.[8][9] Október 6-án debütált a Wanderersben, az új idény első fordulójában. Első gólját a 10. fordulóban büntetőből szerezte a Brisbane Roar ellen.[10] 2014. január 16-án a klub bejelentette, hogy az Ono visszatér hazájába. 2014. május 4-én játszotta utolsó ausztrál bajnokiját.[11] A másodosztályú Consadole Sapporo játékosa lett, akikkel feljutott az élvonalba.
↑Wanderers sign Shinji Ono. footballaustralia.com.au, 2012. szeptember 28. [2012. október 16-i dátummal az eredetiből archiválva]. (Hozzáférés: 2012. október 15.)