Il quitte le port de Wilhelmshaven pour sa première patrouille le sous les ordres du Kapitänleutnant Rolf Dau.
Après 12 jours en mer et un palmarès d'un navire marchand endommagé de 4 803 tonneaux, l'U-42 est coulé le dans l'Atlantique nord au sud-ouest de l'Irlande à la position géographique de 49° 12′ N, 16° 00′ O par des charges de profondeurs lancées par les destroyers britannique HMS Imogen et HMS Ilex. Il n'y aura que vingt survivants sur les quarante-six membres d'équipage après cette attaque. Ces derniers sont faits prisonniers.
Chris Bishop, historien militaire (trad. de l'anglais par Christian Muguet), Les sous-marins de la Kriegsmarine : 1939-1945 : le guide d'identification des sous-marins [« The spellmount submarine identification guide : Kriegsmarine U-boats 1939-1945 »], Paris, Éd. de Lodi, , 192 p. (ISBN978-2-84690-327-1, OCLC470721805, BNF41298980)