Son plus important ouvrage est la partie malacologique du voyage de Francis de Castelnau : Expédition dans les parties centrales de l'Amérique du Sud : de Rio de Janeiro à Lima, et de Lima au Para (1850).
En , Hippolyte Hupé, aide-naturaliste au Muséum, a terminé l’inventaire de la collection paléontologique d’invertébrésfossiles d’Alcide d’Orbigny, mort en 1857.
Il collabore avec Félix Dujardin aux Suites à Buffon éditées par la librairie Roret pour les Zoophytes échinodermes (1862). L'ouvrage est terminé par Hupé après la mort de Dujardin.
