Während des Präsidentschaftswahlkampfes von 1852 war Stevens ein eifriger Anhänger von Franklin Pierce. Dieser zeigte sich dadurch erkenntlich, dass er Stevens zum ersten Gouverneur des gerade gegründeten Washington-Territoriums ernannte. Damit endete Stevens’ erste Militärzeit. Auf seinem Weg in den Nordwesten des Landes ließ er sich viel Zeit, weil er die Route für eine mögliche Eisenbahntrasse vermessen ließ. Erst im November 1853 kam er in Olympia, der Hauptstadt des Territoriums, an. Seine Handlungen als Gouverneur sind bis heute umstritten und werden unterschiedlich beurteilt. Mit einer Kombination aus Einschüchterung und offener Gewalt zwang er die einheimischen Indianer zu zehn Verträgen, die dadurch große Teile ihres Landes an die Regierung des Gouverneurs bzw. an das Washington-Territorium abtreten mussten.
Zu diesen Verträgen gehörten: der Vertrag von Medicine Creek, der Vertrag von Hellgate, der Vertrag von Neah Bay, der Vertrag von Point Elliott und der Vertrag von Quinault. Bei Widerständen setzte der Gouverneur die ihm zugeteilten Soldaten ein. Selbst in diesem Gebiet lebende Weiße beschwerten sich über die Vorgehensweise von Stevens, die auch zunehmend zu Spannungen mit den Indianern führte. Präsident Pierce ermahnte Stevens zur Mäßigung, lehnte aber eine Abberufung ab.
Im Jahr 1857 ließ sich Stevens als Delegierter in den US-Kongress wählen. Die von ihm hinterlassenen Probleme überließ er seinem Nachfolger im Amt des Territorialgouverneurs, Fayette McMullen. Im Kongress vertrat er bis 1861 das Washington-Territorium. Bei Ausbruch des Bürgerkrieges wurde Stevens wieder militärisch aktiv. Er trat als Oberst in die Unionsarmee ein und brachte es dort bis zum Brigadegeneral. Stevens war an mehreren Schlachten beteiligt. Während der Schlacht von Chantilly in Virginia am 1. September 1862 wurde er tödlich verwundet. Posthum wurde er dann noch zum Generalmajor befördert.
Literatur
Kent D. Richards: Isaac I. Stevens: Young Man in a Hurry, Utah: Brigham Young University Press 1979
Clifford E. Trafzer (Hg.): Indians, Superintendents, and Councils: Northwestern Indian Policy, 1850-1855, Lanham: University Press of America 1986