章元衡（1566年—1610年），字彦星，號蓮城，南直隶松江府華亭縣匠籍。明朝政治人物。

万历丙戌进士章宪文族子。万历十九年（1591年）辛卯科应天府乡试第七十六名举人，二十六年（1598年）戊戌科會試第八十六名，三甲八十四名进士，都察院觀政，授官馆陶县知县，三十七年补定海县，升刑部浙江司主事，萬曆三十八年（1610年）卒^[1][2]。

曾祖章耒。祖章云鸾。父章志文。孫章霖，順治乙未進士。