Јован Маринковић рођен је 20. августа 1913. године у подвелебитском селу Трибњу. Одатле се врло рано са родитељима преселио у славонско село Доња Пиштана, на обронцима Папука. Био је запослен као земљорадник и дрвосеча. Учествовао је у штрајку шумарских радника, због чега је отпуштен с посла.
У потрази за зарадом, отишао је са братом Марком и радио као рудар и шумарски радник у Француској и Белгији. Уочи Другог светског рата вратио се у земљу и запослио као лугар.
Након Априлског рата, при повратку кући напали су га припадници „Мачекове заштите”, разоружали, свукли, пребили и отерали у затвор, из кога је убрзо побегао. Отада се клонио родне куће и живео по шумама Папука. Средином јуна1941. године постао је члан Комунистичке партије Југославије. Нешто касније, усташке власти поручују му да се врати у службу, али им је он одвратио: „Више волим да живим у слободи на Папуку, него да крепам у фашистичком ропству”.
Лета 1941. године, он је међу првима пружио оружани отпор жандарима који су трагали за њим. Октобра 1941. године присуствује у сеоској школи Кокочака формирању једног од првих партизанских одреда Славоније, Папучко-крндијског партизанског одреда. У нападу партизана на општинско средиште Слатински Дреновац21. новембра 1941. године, успешно руководи једном од две борбене групе, упада у жандармеријску станицу и присиљава посаду на предају. Потом је потрчао ка запаљеној згради општине, пробио се кроз пламен и дим, провалио врата и спасао од сигурне смрти становништво које су затворили усташе.
Децембра 1941. године је поставио заседу усташкој колони код Врховца, први на њу отворио ватру, са шест хитаца убио шест усташа и у јуришу свладао седмог голим рукама. Јануара1942. године, четници из Босне покушали су да организују своје групице у Славонији. Маринковић се лично обрачунао са вођом четника и спречио њихов покушај да створе базу у Славонији. Сам или са групом партизана, он је, поред многих подвига, напао колону непријатеља и ослободио велику групу сељака које су водили на присилан рад у Немачку. Једном је приликом из усташког логора ослободио жене и децу, међу њима своју мајку и децу, а у другом је препаду растерао петорицу усташа и из заробљеништва ослободио своју жену.
До лета 1942. године, Маринковић је обављао дужност водника, командира чете и команданта батаљона, а августа 1942. године постављен је за заменика команданта, а ускоро и за команданта Другог славонског партизанског одреда, са којим је изводио многе акције, које су додатно утицале на развој Народноослободилачког покрета у Славонији.
Крајем јуна 1943. године, његова је бригада у саставу Дванаесте дивизије кренула из Славоније ка Хрватском Загорју ради разгарања Народноослободилачке борбе. На јужним падинама Билогоре, сударила се са деловима немачке 187. дивизије, у борбама их задржала и омогућила главнини Дванаесте дивизије да пређе на Калник. Његова бригада остала је одсечена на Билогори. 6. јула 1943. године, напале су је јаке немачке и усташке снаге. У вишедневним борбама погинуо је командант бригаде Урош Попара. Маринковић је преузео команду, организовао пробој преко комуникација Вировитица-Дарувар, повео борце на јуриш, разбио немачке снаге и личним примером, храброшћу и прецизним наређењима, решио сложену ситуацију. На цести и око ње, остало је много рањених и убијених Немаца, а 21 их је заробљен.
Крајем 1943. године, за време операција у Подравини, Маринковић се нашао са једним батаљоном на затварању комуникације. Изненада је наишла јака колона тенкова и камиона и угрозила положаје батаљона. Он одмах повлачи борце у корито речице, којим прикривено стиже до пута, ручним бомбама и флашама бензина први напада немачку колону, скаче на тенк и уништава га. Неколико камиона и тенкова убрзо су постали пламене буктиње, па се немачка колона повукла. Као командант бригаде и касније командант Источне групе одреда Шестог корпуса НОВЈ, стално се истицао у борбама. У редовима војске и народа Славоније, био је познат као један од најбољих и најхрабријих бораца.
Јован Маринковић погинуо је 27. октобра 1944. године у Звечеву, као потпуковникНОВЈ, на дужности обавештајног официра Шестог корпуса НОВЈ, од експлозије пакета који је непријатељска обавештајна служба упутила на његово име. Његов посмртни пепео разасут је преко славонске земље.