Kirken, som i middelalderen ble kalt Sankta Maria kyrka, er den tredje eldste i Visby. Den ble opprinnelig bygget som gjestekirke for tyske handelsmenn og innviet den 27. juli1225 av biskop Bengt fra Linköping. Da Visby stift ble etablert i 1572 ble den domkirke.
En periode hadde kirken to kyrkoherder: En kyrkoherde for de bofaste tyskerne og en for besøkende tyskere. Senere ble disse slått sammen, sannsynligvis på grunn av nedskjæringer.