Skagen kirke er en kirke som ligger i Skagen på Jylland. Den ble opprinnelig oppført i 1841 etter tegninger av arkitekt C.F. Hansen og bygget om i 1909–10 av Ulrik Plesner og Thorvald Bindesbøll. Under denne ombyggingen kom blant annet tårnet og det markante barokkinspirerte spiret til. Interiøret står omtrent uendret slik Hansen utformet det.
C.F. Hansen hadde innredet kirken etter nyklassisistiske prinsipper med en stram symmetri rundt midtgangen som førte en inn i rommet med oppmerksomheten rettet mot øst, hvor prekestolen var plassert over alteret foran østveggen og døpefonten var plassert på midtaksen foran alteret. Ved ombyggingen i 1910 beholdt Plesner denne oppbygningen med midtaksen som førte frem til døpefonten.
Prekestolen ble flyttet ned foran alteret, som ble satt opp i en nisje tre trinn over skipets gulv og fikk en innramming av to søyler. På alterbordet ble det satt opp en altertavle av Joakim Skovgaard med ramme skåret av Thorvald Bindesbøll. Dessuten tegnet Bindesbøll nye stolegavler, utsmykning på knefallet og pynten på prekestolen.
I 1988-89 ble kirkens indre restaurert. Arne L. Hansen sto for farvesetningen, samtidig dekorerte han alterbordets forside med tre felter.
På alteret er det stilt opp en korsfestelsesgruppe med tre svevende duer utført av Niels Helledie i 1994. På nordveggen er det hengt opp et krusifiks av samme kunstner.