Den 18. oktober 1986 ble han utnevnt til hjelpebiskop i Cuzco.
Hjelpebiskop i Yauyos
Den 4. desember 1991 ble han utnevnt til hjelpebiskop i Yauyos.
Prelat av Yauyos
Den 15. mars 1997 ble han utnevnt til prelat for Yauyos og innsatt deb 27. april samme år.
Erkebiskop ac Cuzco
Den 29. november 2003 ble han utnevnt til erkebiskop av Cuzco.
Pave Frans godtok hans aldersrelaterte avskjedssøknad den 28. oktober 2014.
Erkebiskop Juan Antonio Ugarte Pérez var del av stor internasjonal gruppe katolske kardinaler og biskoper fra hele verden i et åpent brev datert 2. august 2024 krevde at Den internasjonale olympiske komité (IOC) å «avvise» og «be om unnskyldning» for «den forsettlige hatefulle hån» av Jesu siste nattverd under åpningsseremonien til OL i Paris 2024.[1]
Der skrev de blant annet: «Med sjokk så verden på når sommer-OL i Paris åpnet med en grotesk og blasfemisk skildring av nattverden. Det er vanskelig å forstå hvordan troen til over 2 milliarder folk kan bli ... spottet. Vi, katolske biskoper fra hele verden, på vegne av kristne overalt, krever at Den olympiske komité avviser denne blasfemiske handling og ber alle troende om unnskyldning. Samtidig som det er vanskelig å tro at en slik forsettlig hatefull hån mot noen annen religion ville blitt vist på verdensscenen, truer denne foraktelige handlingen likevel mennesker av alle trosretninger eller de av ingen tro, idet det åpner døren for de med makt som gjør hva de vil mot folk de ikke liker. ...Nattverden var måltidet som Jesus fra Nasaret delte med sine nærmeste venner om natten før han døde for dem og for oss. Vi ber om at de som søker å skade andre med sin makt, og de som er skadet, vil etterligne hans selvoppofrende kjærlighet, slik at fred, anstendighet og gjensidig respekt kan gjenopprettes i verden.»
