Da borgerkrigen brøt ut i juli 1936 deltok han i angrepet på Cuartel de la Montaña og kjempet i Madrilenian-fjellene. Modesto var en av lederne av det femte regiment, som han kommanderte fra oktober 1936. Han kjempet i slaget om Talavera de la Reina og i Illescas (september 1936), samt i forsvaret av Madrid (november 1936-mars 1937) og slaget ved Jamara (februar 1937).
Etter at Catalonia hadde falt til nasjonalisthæren, utnevnte Juan Negrín ham til general kommandant for den sentrale hæren 2. mars1939, og etter at mindre enn en måned hadde gått satt Modesto på et fly til USSR, hvis regjering anerkjente hans militære rang.
Modesto skrev også en bok om sine erfaringer under borgerkrigen med navnet Soy del Quinto Regimento (Jeg i det femte regiment), som ble utgitt i Paris i 1969.
Referanser
^Spansk biografisk leksikon, oppført som Juan Modesto. Modesto Guilloto León, Spanish Biographical Dictionary ID 12883/juan-modesto-guilloto-leon, besøkt 9. oktober 2017[Hentet fra Wikidata]
^Autorités BnF, BNF-ID 124521316[Hentet fra Wikidata]