Juan Borja (født 1446 i Valencia i Spania, død 1. august 1503) var en av Den katolske kirkes kardinaler. Han var erkebiskop av Monreale på Sicilia, biskop av Ferrara og latinsk patriark av Konstantinopel.
Han ble kreert til kardinal i august 1492 av sin onkel pave Alexander VI, med Santa Susanna som tittelkirke.