A partire dal 1967 insegna Teologia morale all'ateneo salesiano di Roma, che nel 1973 diventa Università Pontificia Salesiana; insegna anche Diritto internazionale e Diritto dei minori per molti anni nella stessa università. Collabora all'ultima fase della revisione del Codice di Diritto canonico e svolge un'intensa attività promozionale per la sua ricezione nelle Chiese particolari. Nel 1988 fa parte del gruppo di sacerdoti che accompagna l'allora cardinaleJoseph Ratzinger nelle trattative per la riconciliazione con monsignor Marcel Lefebvre.
Nel 2001 gli viene affidato il caso del ritorno alla Chiesa cattolica dell'arcivescovo Emmanuel Milingo, che si era sposato con Maria Sung, un'adepta della Chiesa dell'unificazione del reverendo Sun Myung Moon. Il documento dal titolo Nota sul valore dei Decreti dottrinali concernenti il pensiero e le opere del rev.do sac. Antonio Rosmini Serbati, con cui il percorso verso la beatificazione di Antonio Rosmini si è reso più facile fino ad arrivare alla beatificazione nel 2007, porta la sua firma e quella dell'allora cardinal Ratzinger.
Il 4 aprile 2007 è stato nominato Camerlengo di Santa Romana Chiesa da papa Benedetto XVI, con questo incarico assume il governo ordinario della Chiesa in caso di morte o rinuncia del pontefice in carica.
Al compimento del settantacinquesimo anno di età presenta le sue dimissioni per raggiunti limiti d'età al papa, il quale il 15 gennaio 2010 gli comunica per iscritto di non voler rinunciare alla sua "preziosa collaborazione".
Lo stemma del cardinale durante la sede vacante del 2013.
Il 2 dicembre 2014, al compimento degli ottant'anni, perde il diritto di entrare in conclave, nonché il titolo di camerlengo.
Posizioni teologiche, morali, sociali e su temi politici
Il cardinale Bertone alla chiusura del congresso eucaristico nazionale della Slovenia e beatificazione di Alojzij Grozde, 13 giugno 2010
La polemica sulla fiction di papa Luciani
In un'intervista apparsa a pagina 5 del quotidiano della C.E.I.Avvenire il 26 ottobre 2006, Bertone ha modo di esprimere il proprio disappunto riguardo alla fiction su papa Giovanni Paolo I, accusandola di parzialità nel modo in cui venivano presentate la Curia romana e le ipotesi sulla morte di Luciani, con queste dichiarazioni: «capisco che in ogni buon film alla figura del buono si debba sempre contrapporre quella del cattivo e dei cattivi, [...] e purtroppo anche a tale fiction non è sfuggita questa legge non scritta. E così tra i cattivi abbiamo ritrovato l'immancabile arcivescovo Paul Marcinkus, vari cardinali ed un po' tutta la Curia...».[5]
Dichiarazioni sull'omosessualità
In merito allo scandalo dei preti pedofili in Irlanda Tarcisio Bertone dichiara che degli studi scientifici affermano che la pedofilia è collegata all'omosessualità, e non ha niente a che vedere con il celibato. Il cardinale non specifica comunque a quali studi facesse riferimento, essendo la teoria delle parafilie ritenuta superata da tempo. L'affermazione causa forti polemiche da parte di esponenti della comunità LGBT e della politica e la tesi è negata dall'Associazione Italiana Psicologi e Psichiatri Cattolici[6][7].
In seguito alla condanna delle sue parole da parte del Ministero degli Esteri francese[8] la Sala Stampa della Santa Sede interviene precisando che l'intervento del cardinale era relativo alla «problematica degli abusi da parte di sacerdoti e non nella popolazione in generale» e che le statistiche relative ai crimini di pedofilia indicassero come il 60% dei casi riscontrati fosse «riferito a individui dello stesso sesso».[9][10]
Tuttavia le affermazioni del cardinale Bertone in merito alla connessione fra omosessualità e pedofilia hanno trovato appoggio presso lo psichiatra cattolico americano Richard Fitzgibbons.[13]
La vicenda di padre Murphy
Il 26 marzo 2010 il New York Times rende pubblica[14][15] la corrispondenza risalente alla fine degli anni novanta tra il Vaticano e l'arcidiocesi di Milwaukee (Wisconsin, Stati Uniti d'America) riguardo agli atti di pedofilia compiuti da padre Lawrence C. Murphy nell'istituto per sordi St. John di Milwaukee dal 1950 al 1974. Una di queste carte è un verbale di una discussione in Curia presieduta dal card. Bertone su Lawrence Murphy pochi mesi prima del suo decesso. Stando a questo verbale, richiesto dall'arcivescovo di Milwaukee, si decise che, malgrado avesse confessato di aver abusato (in confessionali e dormitori) di circa 200 minori, a padre Murphy non venisse tolto l'abito talare, anche perché prossimo al decesso; la giustizia civile aveva invece archiviato il caso già nel 1970.
Padre Murphy muore, da prete, nel 1998. Quando l'arcidiocesi di Milwaukee ne informa il Vaticano, spiegando che, contrariamente agli accordi, i funerali del sacerdote erano avvenuti pubblicamente alla presenza della comunità dei sordi, Tarcisio Bertone risponde affermando di condividere con il vescovo della diocesi «the hope that the Church will be spared any undue publicity from this matter» (la speranza che alla Chiesa venga evitata eccessiva pubblicità riguardo a questo caso).
La controversia sul Terzo Segreto
Dopo la pubblicazione del libro di Bertone, L'ultima veggente di Fatima, edito da Eri-Rizzoli nel 2007, il giornalista italiano Antonio Socci ha pubblicato un articolo intitolato: Caro Cardinale Bertone, chi è – tra lei e me – che mente sapendo di mentire?[16] nel quale denuncia le attività del Cardinale Bertone in merito al presunto occultamento di un testo del Terzo Segreto di Fatima. L'avvocato cattolico Christopher Ferrara ha scritto un intero libro, intitolato Il segreto ancora nascosto (disponibile online)[17] allo scopo di denunciare e smascherare le affermazioni del cardinale Bertone in merito a Fatima. Il libro contiene un'appendice intitolata 101 motivi per dubitare della versione del Cardinale Bertone.
Pedofilia nel clero: ricorso alla Corte penale internazionale
Nel febbraio del 2012 l'accusa viene ritirata in seguito a una notifica da parte dello stesso avvocato Jeff Anderson che aveva cercato d'incolpare Benedetto XVI e i cardinali Bertone, Sodano e Levada. Come ha spiegato l'avvocato della Santa Sede Jeffrey S. Lena, la notifica ha provocato «...l'archiviazione immediata della causa, senza che sia necessaria una sentenza in merito emanata dalla corte». Il motivo di tale scelta è spiegato dallo stesso avvocato Lena: «Hanno ritirato tutto perché sapevano che avrebbero perso se avessero continuato a perseguire il caso. Non volevano una pronuncia negativa da parte del giudice» infatti, se si fosse continuato, l'assoluzione avrebbe fatto giurisprudenza.
Controversie
Eredità Gerini
Il cardinale Bertone è coinvolto in un procedimento civile che riguarda il lascito ereditario del marchese Alessandro Gerini, che negli anni '90 lasciò ai Salesiani una eredità stimata in oltre 650 milioni di euro[25]. La linea difensiva condotta dall'alto prelato è quella di essere stato indotto con truffa a dare il consenso all'accordo stragiudiziale con gli eredi Gerini per concludere la disputa sull'eredità[26].
Vicenda Lux Vide
Il cardinale Bertone, in qualità di presidente della commissione cardinalizia di vigilanza dell'Istituto per le opere di religione (IOR), è stato oggetto di indagine da parte delle autorità Vaticane per aver dato autorizzazione a sottoscrivere obbligazioni, per un totale di 15 milioni di euro, della società cinematografica Lux Vide diretta dall'amico Ettore Bernabei; operazione che comportò una perdita corrispondente per lo IOR nel bilancio 2014[27][28][29].
Appartamento Palazzo San Carlo
Al termine del suo mandato come Segretario di Stato, il cardinale Bertone ha avuto in concessione un appartamento nel Palazzo San Carlo[30], la cui ristrutturazione è stata in gran parte pagata con 442.000 euro provenienti dalla Fondazione Bambin Gesù che raccoglie denaro da destinare all'omonimo ospedale infantile di Roma[31]. In seguito alle inchieste giornalistiche, il cardinale ha deciso di restituire alla fondazione una analoga somma a titolo di risarcimento per il danno di immagine subito[32]. A marzo del 2016 il Vaticano avrebbe aperto un'inchiesta sulla provenienza dei fondi utilizzati per ristrutturare l'appartamento abitato dal cardinale Bertone. L'attico del palazzo, erroneamente attribuito in uso al cardinale, è condominiale, e aperto a tutti gli abitanti del palazzo. A chiusura dell'inchiesta si è tenuto un processo a carico di Giuseppe Profiti, ex presidente del Bambino Gesù e manager vicinissimo al porporato, e dell'ex tesoriere Massimo Spina, con l'accusa di peculato per distrazione. Il cardinale Bertone non è stato indagato né rinviato a giudizio. Al termine del processo Giuseppe Profiti è stato condannato a un anno di reclusione, mentre Massimo Spina è stato assolto.[33][34][35]
^ Christopher A. Ferrara, Il segreto ancora nascosto (PDF), su fatima.org. URL consultato il 22 febbraio 2020 (archiviato dall'url originale il 22 febbraio 2020).
^L'ultima ribattuta 23 aprile 2015, Copia archiviata, su lultimaribattuta.it. URL consultato il 5 marzo 2016 (archiviato dall'url originale il 6 marzo 2016).
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