La Coppa UEFA 1998-1999 è stata la 28ª edizione della terza competizione continentale. È stata vinta dal Parma, alla seconda vittoria nella competizione dopo quella del 1994-1995, nella finale contro l'Olympique Marsiglia svolta allo Stadio Lužniki di Mosca. Da notare il cammino del Bologna che, partito dall'Intertoto, raggiunse la semifinale del torneo, stabilendo il primato italiano di 16 gare europee giocate in una sola stagione; record poi battuto nel 2003 dal Milan con 19 gare disputate.
Formula
Sulla base del ranking UEFA del 1997, la Turchia prese un terzo posto al Belgio, mentre la Croazia e, almeno di diritto, la Polonia ne presero un secondo all'Ucraina e all'Ungheria. Inutilizzato il posto dei detentori, venne usato per una partecipazione di prova di Andorra, mentre furono aggiunti due posti per inserire una delegazione della Bosnia.
^Gara giocata a Salerno e sospesa all'intervallo sul punteggio di 1-2 per la Fiorentina a causa del lancio di una bomba carta da parte dei tifosi della Salernitana dalle tribune che ferì il quarto uomo. La UEFA sanzionò la Fiorentina con l'eliminazione dalla competizione infliggendo la sconfitta per 3-0 a tavolino.
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