Þegar frelsisstríð Ítalíu hófst 1943 losnaði hann úr fangelsi 8. september og varð einn af leiðtogum andspyrnuhreyfingarinnar. Sem slíkur átti hann þátt í að skapa Frelsunarnefnd efri Ítalíu (Comitato di Liberazione di Alta Italia). Hann var um stutt skeið fangi Þjóðverja, en var sleppt við fangaskipti.
Margir kristilegir demókratar voru andsnúnir honum, meðal annars vegna þess að hann vildi allsherjarstríð gegn mafíunni, og frjálslyndir ollu því að lokum að stjórnin féll eftir sjö mánuði og ný ríkisstjórn tók við undir forystu Alcide De Gasperi.
Parri hélt áfram stjórnmálastarfi á vinstri væng ítalskra stjórnmála. Hann var gerður að öldungadeildarþingmanni til æviloka árið 1963.