כאמור, בסדר מסכתות המשנה וכן בסדר המסכתות בתלמוד בבלי העוקב אחר אותו הסדר, מסכת ראש השנה היא המסכת השמינית בסדר מועד ובאה לאחר מסכת ביצה. אך במהדורות המודפסות של התלמוד שוּנה הסדר, וראש השנה היא המסכת החמישית ממסכתות התלמוד והיא מופיעה בין מסכת שקלים[2] למסכת יומא. הסיבה לשינוי איננה ברורה, אך יש המשערים שהדבר נבע מרצון להתאים את סדר המסכתות לסדר המועדים במעגל השנה - ראש השנה, יום הכיפורים (מסכת יומא) וסוכות (מסכת סוכה), או מתוך צורך טכני של חלוקת כרכי התלמוד לפי מספר דפי המסכתות (במהדורות המודפסות הקלאסיות בהן התלמוד מתחלק ל-20 כרכים המסכתות ראש השנה, יומא וסוכה מודפסות בכרך אחד)[3].
אִם אֵינָן מַכִּירִין (תשע משניות, בתלמוד בבלי דפים כב'-כה') - ממשיך בהלכות קידוש החודש ובדרכים שבהן הודיעו לכל העולם היהודי לגבי הקביעה של ראש חודש.
רָאוּהוּ בֵּית דִּין (שמונה משניות, בתלמוד בבלי דפים כה'-כט') - בתחילתו ממשיך לעסוק בקידוש החודש ולאחר מכן ממשיך לדיני השופר, מאיזה חיה צריך לקחת את הקרן ומה פוסל את הקרן מלהיות שופר.
יוֹם טוֹב (תשע משניות, בתלמוד בבלי דפים כט'-לה') - עוסק בסדר התקיעה בשופר ודיני התקיעה בשבת. לקראת סופו הוא עוסק בהלכות ראש השנהובסדר תפילות היום (תוך שילוב התקיעות).
