C'est sous ce ministère que fut adoptée la loi de séparation des Églises et de l'État, dont le projet avait été déposé par Émile Combes. Le rapporteur du projet de loi Aristide Briand, sut tenir compte des revendications des Églises et faire voter une loi libérale adoptée par 341 voix contre 232 le 9 décembre 1905. Cela entraîna une montée de l'Action française chez les catholiques, la démission d'officiers catholiques, de nombreuses pétitions et une perte d'argent non négligeable pour l'Église.
La loi du réduit à deux ans la durée du service militaire mais, surtout, en supprime toutes les dispenses.
Confronté à l'intransigeance allemande lors de la première crise marocaine de , il choisit de céder en demandant en la démission de son ministre des Affaires étrangères Théophile Delcassé, anglophile, qui s'était opposé à la réunion d'une Conférence internationale.
Fin du gouvernement et passation des pouvoirs
Le , Maurice Rouvier présente la démission du gouvernement au nouveau président de la République, Armand Fallières, qui confirme la composition du cabinet et renomme les ministres à leurs postes.
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