Mi-mars 1871, le 39e de marche est à la division Barry de la nouvelle armée de Paris[5]. Le , il passe à la 5e division de l'armée de Versailles qui vient d'être créée pour réprimer la commune de Paris[6]. Les soldats du régiment sont peu motivés à l'idée de tirer sur d'autres Français[7]. L'armée de Versailles est réorganisée le [8] et le régiment passe à la 3e division du 1er corps de la 2e armée de Versailles[8],[7].
Il fusionne le dans le 39e régiment d'infanterie de ligne[9].
Léonce Rousset, Histoire générale de la guerre franco-allemande (1870-71) : les armées de province, Paris, Librairie illustrée, 1895-1898 (lire en ligne).
Aristide Martinien, La mobilisation de l'armée, mouvement des dépôts (armée active) du 15 juillet 1870 au 1er mars 1871 : guerre de 1870-1871, Paris, L. Fournier, , 463 p. (lire en ligne).
V. Alwrod, La bataille du Mans, 10, 11 et 12 janvier 1871, Angers, G. Grassin, (lire en ligne).