Ne estas restaĵoj de antikveco ĝis la unua mencio kiel "loko" dependa de la tiam ekzistanta kaj nun malaperinta domaro de Alcolea de Torote, de kiu ja estas referencoj el la 8-a jarcento. En 1133 oni citas la nomon de Galápagos kiel limo de la teritorio alfoz de Gvadalaĥaro, sed ne klaras ĉu estas nur toponimo de simpla loko aŭ kiel loĝata loko.
En 1585, la reĝo Filipo la 2-a donis al Galápagos la titolon de Urbeto (urbo)|Villa, kun municipa teritorio, kontraŭ pago. Poste pro ŝuldoj de la villa, la jurisdikcio venis al la grafo de Moriana del Río, Juan de Orcasitas y Avellaneda en 1698. Tio pluis ĝis la desamortización de Mendizábal kaj la malapero de la senjorio, date ambaŭ de 1812.[2]
Post la Hispana Enlanda Milito la loĝantaro falis en multaj lokoj, tio estis oni perdis loĝantojn pro diversaj tialoj: nome bataloj, prizono, politika persekutado, malsato ktp. Meze de la 20a jarcento la loĝantaro de multaj vilaĝoj de la regiono atingis pinton, kaj ankaŭ ĉe Galápagos, sed poste okazis elmigrado, senloĝigo kaj maljuniĝo de la loĝantaro ĉefe dum la 1960-aj kaj 1970-aj jaroj, kaj ankaŭ ĉe Galápagos ĉe Chueca. Poste okazis rekuperado pro proksimeco al la provinca ĉefurbo kaj al la industria akso de Koridoro de Henares ĝis la nunaj pli ol 2 000.