Жупанија је формирана у 11. веку као једна од жупанија Угарске и првобитно је обухватала подручја са обе стране реке Драве (данашњу Барању и део данашње Славоније). Након османског освајања у 16. веку, жупанија престаје да постоји, а овде се формира Мохачки санџак, административна јединица Османског царства.
Барањска жупанија 1370. године.
Крајем 17. века, ово подручје постаје део Хабзбуршке монархије, а Барањска жупанија се обнавља у оквиру Краљевине Угарске. Нова жупанија је, међутим, за разлику од средњовековне, обухватала само подручја на левој обали Драве.
Тријанонским споразумом из 1920. године, предвиђена је подела Барање и Бачке између Краљевства СХС и Мађарске. Због незадовољства овом одлуком, део становништва у деловима Барање и Бачке који је требало да припадну Мађарској прогласио је 1921. године краткотрајну Барањско-бајску републику. Након пропасти ове републике, већи део Барање ушао је у састав Мађарске где је организован као Барањска жупанија. Мањи, јужни део Барање, који је остао у саставу Краљевства СХС укључен је у састав нове Бачко-барањске жупаније.