Pravdepodobne autormi názvu boli važeckí a štrbskí pastieri, ktorí pomenovali dolinu podľa frkotu vody (frkot = fŕkanie, striekanie, špliechanie)[3], ktorá vo Furkotskom potoku preteká dolinou. Pravdepodobne chybnou transkripciou sa frkot zmenil na furkot.[1]
Iné vysvetlenie spočíva v baníckej činnosti v doline. Baníci kutali v hornej časti Važeckej doliny zvanej Zadný handel. Stará odborná banícka terminológia pomenúvala horské sedlo výrazom furka, ktoré vychádzalo z latinčiny a udomácnilo sa v starej nemčine. Cez sedlo prechádzali haviari do doliny, ktorá dostala meno Farkatál, ktoré sa časom posunulo do podoby Furkota – Furkotatal.[4]
Zaujímavosti
Od dávna bola dolina cieľom štrbských a važeckých pastierov, ale aj lovcov kamzíkov, pytliakov, ktorí ich lovili a rovnako aj svište. Prechádzali cez Bystré sedlo do Mlynickej doliny a cez Furkotské sedlo do Nefcerky. Imrich Kővi a Martin Róth boli prví turisti, ktorí spolu s hájnikom Petrom 5. augusta1879 našli cestu cez dnešné Bystré sedlo. Aj potom turisti dlho chodili do doliny pastierskymi chodníkmi. Až, keď v rokoch 1885 – 1886Uhorský karpatský spolok postavil chodník vedúci zo Štrbského Plesa do Važeckej doliny a na Kriváň sa turistom trochu uľavilo. Po odbočení z chodníka do doliny však naďalej kráčali len po trochu málo vylepšenom starom pastierskom chodníku. Keď v 30. rokoch minulého storočia postavili Tatranskú magistráluKlub československých turistov vylepšil starý chodník a upravil trasu cez Bystré sedlo. V roku 1936 postavili v ústí doliny drevenú chatu, ktorá bola známa ako Lonekova chata. Furkotská dolina nie je tak často navštevovaná ako susedná Mlynická dolina. Väčšinou sa cez ňu vracajú turisti, ktorí robia okruh z Mlynickej doliny cez Bystré sedlo.[2]