W zakresie wypełniania swoich kompetencji JEWCS ściśle współpracuje z Komitetem Doradczym NATO ds. walki elektronicznej (NEWAC) oraz dowództwami i komórkami NATO[2]. Zgodnie z dokumentem Komitetu Wojskowego MC 0486/1 NATO EW Core Staff Concept, JEWCS pozostaje jedyną komórką w NATO odpowiedzialną za walkę elektroniczną, w której zostały scentralizowane zasoby osobowe i sprzęt walki elektronicznej sojuszu[2].
W grudniu 2012 Komitet Wojskowy wydał dokument MC 0324/3 (The NATO Military Command Structure)[3]. Na jego podstawie ze struktur dowodzenia NATO wyłączono Połączony Sztab Walki Elektronicznej[4]. JEWCS, jako organizacja która nie jest w strukturach dowodzenia NATO, współpracuje jednak blisko z dowództwem ACT i ACO[5].
specjalistyczne wsparcie dowództw i sztabów NATO w zakresie planowania i prowadzenia walki elektronicznej,
prowadzenie szkolenia specjalistycznego z personelem NATO,
wsparcie Sojuszniczego Dowództwa ds. Transformacji (ACT) oraz innych dowództw NATO w zakresie walki elektronicznej,
opracowywanie doktryn i koncepcji walki elektronicznej,
organizowanie i prowadzenie sojuszniczych ćwiczeń i szkoleń w zakresie walki elektronicznej,
administrowanie sojuszniczą bazą danych emiterów (NATO Emitter Database), która obejmuje dane środki promieniowania radiolokacyjnego, optoelektronicznego i podczerwonego.