Tornato in Messico, ha vestito le maglie del Necaxa prima e nuovamente del Tigres UANL poi. Con la prima ha messo a segno 9 gol in 12 partite, mentre con i Tigres il suo bottino è stato di 38 gol in 64 partite. Inoltre è l'unico giocatore ad aver segnato nel derby con entrambe le squadre di Monterrey.
Dopo un paio di stagioni senza qualificazioni ai play-off, Hernández ha provato l'avventura americana e nel 2000 ha firmato con una squadra della Major League Soccer, i Los Angeles Galaxy, che lo hanno pagato 4.000.000 di dollari. Atteso come un giocatore di categoria superiore destinato a segnare molte reti, Hernández ha realizzato 17 gol in 40 presenze. Nel 2002 è tornato in patria per vestire le maglie di Club América, CD Veracruz e Jaguares de Chiapas, prima di dare l'addio al calcio giocato nel 2004.