Oltre che come operistico, Prêtre è conosciuto come direttore sinfonico, con una predilezione per gli autori francesi, ed in particolare per Francis Poulenc, di cui diresse la prima dell'opera La voix humaine all'Opéra-Comique nel 1959 e Sept répons des ténèbres nel 1963.
Nel 1971 diresse la prima rappresentazione radiofonica nell'Auditorium Rai di Napoli de Il cavaliere della rosa con la Cotrubas.
A Venezia nel 1992 diresse due concerti, il Concerto di Gala per il Bicentenario e nel 1993 La damnation de Faust.
Nel 1994 tenne a battesimo la nuova Orchestra sinfonica nazionale della RAI, unificata e riunita a Torino, e nel 1999 diresse una serie di concerti a Parigi per celebrare il centenario della nascita di Poulenc. Nel 1988 Marcel Landowski gli dedicò la sua quarta sinfonia.
Dal 1986 al 1991 fu direttore principale dell'Orchestra Sinfonica di Vienna, succedendo a Gennadij Nikolaevič Roždestvenskij; di tale periodo, artisticamente molto produttivo, restano alcune importanti testimonianze discografiche per le etichette Orfeo ed Erato. Nel 1990 a Vienna diresse Samson et Dalila con Agnes Baltsa e Plácido Domingo e la prima esecuzione assoluta nella Großer Musikvereinsaal del Concerto per 15 solisti e orchestra di Jean Françaix.
Per La Fenice nel 2001 diresse un concerto al PalaFenice al Tronchetto e nel 2004 al Teatro La Fenice. Il 31 dicembre 2004 ed il 1º gennaio 2005 diresse il Concerto di Capodanno veneziano trasmesso da Rai 1 ed il 30 e 31 dicembre 2008 e il 1º gennaio 2009 tornò a dirigere il Concerto di Capodanno trasmesso da Rai Uno.
Il 1º gennaio del 2008 divenne il primo direttore d'orchestra francese a salire sul podio dei Wiener Philharmoniker per il tradizionale Concerto di Capodanno di Vienna[2], vedendo esaudito il proprio desiderio che aveva espresso in occasione della direzione del Concerto di Capodanno di Venezia: in tale occasione, incluse nel programma una serie di opere della famiglia Strauss con spiccati rimandi alla sua terra natia (ad esempio la Marcia di Napoleone, una polka francese e un valzer parigino)[3]. Due anni più tardi, nel 2010, fu chiamato per la seconda e ultima volta a dirigere il concerto di capodanno viennese.
Discografia parziale
Gounod, St. Celcilia Mass - Georges Prêtre/Nouvel Orchestre Philharmonique De Radio France/Barbara Hendricks, 1984 EMI
Mascagni Leoncavallo, Cavalleria rusticana/Pagliacci - Pretre/Domingo/Bruson/Stratas, 1982/1983 CD Philips/Decca e DVD Deutsche Grammophon
Poulenc: Gloria, Stabat Mater - Barbara Hendricks/Georges Prêtre/Orchestre national de France, 1985 EMI
Verdi, La Traviata - Georges Prêtre/Caballè-Bergonzi, Milnes/RCA Italiana Opera Orchestra, 1967 BMG
Bizet, Carmen - Pretre/Callas/Gedda Orch teatro nazionale dell'Opera di Parigi, 1964 EMI
Donizetti: Lucia di Lammermoor - Georges Pretre/Anna Moffo/Carlo Bergonzi/Mario Sereni/Ezio Flagello/Pierre Duval/RCA Italiana Opera Orchestra, 1966 RCA
Bizet, Les Pecheurs De Perles - Georges Pretre, 2003 Warner
Milhaud: Music for 2 Pianos - Carnaval d'Aix - Suites - Georges Pretre, 2001 EMI/Warner
Puccini: Tosca - Maria Callas/Georges Pretre, 1965 EMI
Ravel: Shéhérazade; 5 Mélodies Populaires Grecques - Georges Pretre/Gonzalo Soriano/Orchestre de la Société des concerts du Conservatoire/Victoria de los Ángeles, 1963/1967 EMI/Warner