Hann var sonur Johans Frederiks Bardenfleth, sem var danskur flotaforingi og um skeið landstjóri Dana í Vestur-Indíum. Bardenfleth-ættin var upphaflega þýsk aðalsætt en forfeður Bardenfleths stiftamtmanns fluttust til Danmerkur snemma á 18. öld og gerðust danskir ríkisborgarar. Carl Emil Bardenfleth var bernskuvinur Friðriks prins, seinna Friðriks 7. Danakonungs, og naut jafnan hylli hans. Hann varð stúdent 1823 og lauk lagaprófi frá Kaupmannahafnarháskóla með hæstu einkunn árið 1827.
Hann var skipaður bæjar- og héraðsfógeti í Frederikssund 1832 og var amtmaður og stiftamtmaður á Íslandi 1837–1841, en mágur hans, Moltke greifi, hafði gegnt sömu embættum 1819–1823. Bardenfleth þótti sanngjarn og velviljaður, var vel látinn og vinsæll og lagði sig meðal annars fram um að læra íslensku. Hann hafði ætlað sér að vera lengur á Íslandi en þegar Friðrik 6. konungur lést og Kristján 7. tók við kallaði hann Bardenfleth til Danmerkur 1840 til að vera hirðmeistari hjá Friðrik krónprinsi, sem þá var orðinn landstjóri á Fjóni. Fór hann utan hálfnauðugur og mun hafa gert ráð fyrir að snúa aftur ári síðar en af því varð ekki. Hann var skipaður stiftamtmaður á Fjóni 1843 og varð síðar þingmaður á danska þinginu, ráðherra og átti setu í ríkisráðinu.
Kona Bardenfleths (gift 3. október 1832) var Sophie Amalie, greifynja von Schmettau (4. nóvember 1810 – 26. apríl 1893). Þau áttu fjölda barna og voru tvö þeirra fædd í Reykjavík. Sonur þeirra, sem hér fæddist, var látinn heita Ingolf eftir Ingólfi Arnarsyni landnámsmanni.
Konungsfulltrúinn á Alþingi
Bardenfleth var fulltrúi konungs á endurreistu Alþingi 1845 og þótti farast það vel úr hendi. Jón Sigurðsson lýsti honum þannig í Nýjum félagsritum:
„Konungsfulltrúinn á alþíngi hefir marga þá kosti til að bera, sem öllum Íslendíngum þykir mikið til koma, og afla honum virðíngar hjá hverjum manni, sem kynnist honum. Hann er skynsamur maður og greindur, ráðsettur og alvarlegur; hann hefir ljósa hugsun og er fljótur að koma fyrir sig bæði hugsun og orðum; – hann hefir einnig gott lag á allri tilhögun og kann vel að sjá hvað bezt
fer; það var og einnig sjáanlegt, að hann hafði varið mikilli ástundan til að kynna sjer málin og gjöra sjer sjálfur hugmynd um þau, því hann vildi vera einfær um verk sitt, eins og vera átti; hann hefir og einnig lagt svo mikla ástundan á að læra íslenzka túngu, að hann skilur vel það sem talað er, og getur allsæmilega framflutt á íslenzku ræðu, sem hann hefír skrifaða fyrír sjer; sýndi hann og í þvi lag sitt, að hann flutti sjálfur á islenzku ræður sínar fyrst og seinast á þínginu."[1]
