בהקשר הצר מדובר בחברה המציגה באופן ציבורי את צבעי הדגל או הסמל, או מאפיינים אחרים המזוהים עם המדינה שבה שוכנת הנהלתה, או שבה או ממנה מתבצעת עיקר פעולתה המסחרית;
בהקשר הרחב חברת דגל של מדינה כלשהי היא חברת תעופה או ספנות הרשומה במדינה זו.
המושג בא לעולם בתקופה שבה מרבית המדינות הקימו חברות תעופה ממשלתיות, והלכה למעשה נחשבו חברות אלה שהיו חברות דגל גם כ"חברות לאומיות". חלק ניכר מחברות אלה הופרטו במהלך השנים והפיקוח הממשלתי על ענף התעופה האזרחית פחת, דבר שהביא להקמת חברות תעופה שלא נשלטו בידי המדינה, אף כי נחשבו לחברות דגל של אותה מדינה, בין בהקשר הצר ובין בזה הרחב, וחשיבותו של המושג "חברה לאומית" פחתה.
אל על, שהייתה חברת התעופה הלאומית של ישראל, הפכה ל"חברת דגל" עם הפרטתה בשנת 2005, והיא ממשיכה לשאת את דגל ישראל על מטוסיה. ישראייר וארקיע הן חברות דגל ישראליות במובן הרחב כי הן רשומות בישראל ובה שוכן מרכז פעולתן. עם זאת ארקיע לא אימצה אל סמלה צבעים או סמלים המקושרים בהכרח למדינת ישראל, בעוד שבסמלי חברת ישראייר יש דמיון למגן דוד.
