Ce minuscule village de pêcheurs est initialement un des sites dans lesquels les pécheurs côtiers allaient s'abriter lorsqu'ils étaient surpris par un « coup de tabac ». Il s'agit d'une crique assez bien protégée des intempéries dans laquelle ils pouvaient patienter dans des abris rudimentaires et sauvegarder leur embarcation, leur matériel et leur prise jusqu'à la prochaine acalmie avec l'autorisation des propietaires.
Au XIXe siècle, le site est industrialisé. Des fabriques de soude, de plomb et de soufre y sont exploitées entre 1804 et 1860. Elles contribueront à la richesse de Marseille. Des habitations sont érigés pour les ouvriers et la chapelle Saint-Lucien datant du XIe, restaurée. Après la fermeture de ces usines, les habitations demeurent, tandis que les pierres des murs en ruine sont canibalisées sur place pour construire des cabanons. Le site des Goudes devient un village de pécheurs à part entière — « au bout du monde marseillais » — avec des petites rues escarpées, des petites maisons de pêcheurs et de navigateurs[4], bateaux et barques de pêche traditionnelles (bette, pointu, barquette marseillaise...) bars et restaurants de bord de mer, avec ses paysages et vues sur la rade de Marseille, l’île Maïre et l’archipel de Riou..
On y accèdait en suivant le bord de mer sinueux sur 1,5 km, à l'orée des calanques. Depuis le début du XXe siecle, le sentier a été aménagé en route ouverte à la circulation. Mais devant les excès de pollution et la circulation difficile, au debut du XXIe siècle, la municipalité, en concertation avec les riverains, décide que l'accès se fera quasi exclusivement grâce aux transports en commun, particulièrement pendant la saison touristique, car le village fait partie du site protégé du Parc Naturel des Calanques.
Les Goudes sont accolées au massif de Marseilleveyre. L'écrivain provençal Paul Mariéton (1862-1911)[5] rapporte à ce propos dans un ouvrage que l'archéologue M. Gilles avançait que cet endroit était appelé Marseilho-Veïre ce qui, toujours selon Gilles, signifierait le « Vieux Marseille » et non pas « voir Marseille ». Cette affirmation reste aujourd'hui infondée. Par ailleurs les recherches sur Marseilleveyre ont souvent été sources de débats sur les origines de Marseille.