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Howard Shore étudie la composition avec John Bavicci au Berklee College of Music de Boston en 1969 et, plus tard, il cofonde le groupe rock Lighthouse, composé de Skip Prokop, Paul Hoffert, Ralph Cole, Bob McBride, Larry Smith et lui-même. Dans le groupe, Shore joue du saxophone alto et de la flûte, composant également des chansons. De 1969 à 1972, Shore enregistre avec Lighthouse. Étant membre du groupe, Shore travaille aussi pour la radio et compose de la musique pour des émissions de télévision de la Société Radio-Canada (SRC).
Avec un petit groupe d'amis, incluant le producteur, scénariste et acteurcanadienLorne Michaels, il crée l'émission de télévision Saturday Night Live. De 1975 à 1980, Shore est directeur musical, sous l'autorité de Michaels, des cinq premières saisons de l'émission dont il compose la chanson-thème, y jouant également du saxophone. Les contraintes d'une émission hebdomadaire l'amènent à composer très rapidement de la musique de différents sortes. Shore est donc préparé à travailler pour tous les genres de film.
Sa rencontre avec le réalisateurDavid Cronenberg, son compatriote canadien, est déterminante et le lance dans la composition pour le cinéma. Shore livre des partitions très sombres et souvent atonales, qui collent parfaitement à l'univers glauque et viscéral du cinéaste. Le compositeur a écrit la musique de tous les films de Cronenberg (Faux-semblants, Le Festin nu ou Crash), à l'exception de Dead Zone.
Dès lors, le compositeur sera souvent attaché à des projets à l'atmosphère lourde et oppressante, comme en témoignent sa partition pour Le Silence des agneaux en 1990 ou pour Seven en 1995.
Bien qu'il ait également évolué dans des registres plus légers (Big en 1988 ou Madame Doubtfire en 1994), son œuvre est marquée par ces ambiances sombres et c'est avec étonnement que les fans de J. R. R. Tolkien et les amateurs de musique de films en général apprennent, en 2001, son engagement sur la trilogie de Peter Jackson : Le Seigneur des Anneaux.
Les craintes des puristes sont rapidement levées dès les premières notes qui ouvrent le film et ses partitions épiques pour la trilogie seront saluées par le public, la critique et les professionnels du cinéma qui lui décernent l'Oscar de la meilleure musique de film en 2002 pour La Communauté de l'Anneau et pour Le Retour du Roi en 2004.
Les douze heures de musique composées pour la trilogie du Seigneur des Anneaux, dans les versions longues, ont été adaptées et réarrangées par Howard Shore pour The Lord of the Rings: Symphony in six movements, symphonie d'une durée d'environ deux heures, jouée lors d'une tournée mondiale en 2004, incluant notamment des représentations à Londres et Sydney.
En , l'intégralité de la musique originale composée pour Le Seigneur des Anneaux (Le Seigneur des anneaux : La Communauté de l'anneau) paraît pour la toute première fois. Le coffret intitulé The Lord of the Rings - The Complete Recordings - The Fellowship of the Ring comprend 3 CD et 1 DVD (ce dernier reprenant le contenu des 3 CD en qualité Dolby Digital 5.1).
En 2006, il continue d'évoluer dans l'Heroic fantasy, en composant la musique du jeu vidéo Soul of the Ultimate Nation où l'on reconnaît clairement l'univers musical du Seigneur des Anneaux.