Δεν αποτελεί εθνική κατηγορία, καθώς δεν έχει σταθερή σύνθεση και για τη διεξαγωγή του απαραίτητη προϋπόθεση είναι να έχουν ολοκληρωθεί τα τοπικά πρωταθλήματα των Ε.Π.Σ.. Πρώτη φορά εφαρμόσθηκε κατά το διάστημα 1968–1977 ως μία μορφή Γ΄ Εθνικής Κατηγορίας.
Από το 1987 και εντεύθεν ο ρόλος της περιορίσθηκε στο να επιτρέπει την πρόκριση για την Δ΄ Εθνική Κατηγορία. Υπήρξε επίσης και μία περίπτωση, την αγωνιστική περίοδο 2002–2003, όταν λόγω αναδιάρθρωσης, χρησιμοποιήθηκε ο θεσμός αυτός για να περιορίσει στο ήμισυ τον αριθμό των πρωταθλητών της Δ΄ Εθνικής Κατηγορίας που θα ανέβαιναν στην Γ΄ Εθνική Κατηγορία (από τους 10 πρωταθλητές των ομίλων προκρίθηκαν τελικά οι 5, ύστερα από μονούς αγώνες μπαράζ σε ουδέτερες έδρες). Για 19η φορά στα χρονικά έλαβε χώρα μετά την ολοκλήρωση της αγωνιστικής περιόδου 2011–2012.
Ωστόσο, στις 25 Ιουλίου 2012, η Ελληνική Ποδοσφαιρική Ομοσπονδία (Ε.Π.Ο.) πήρε απόφαση να ακυρώσει επί της ουσίας το Πρωτάθλημα Πρωταθλητριών Ε.Π.Σ. 2012, αφού προέκρινε για άνοδο στην Δ΄ Εθνική Κατηγορία όλους τους τοπικούς πρωταθλητές που μετείχαν σε αυτό.[2] Αυτή όμως η απόφαση σε καμία περίπτωση δεν αποτελεί και κατάργηση της διοργάνωσης, καθόσον από την αγωνιστική περίοδο 2012–2013, όταν και λήφθηκαν οι οριστικές αποφάσεις για τη συνένωση της Γ΄ Εθνικής Κατηγορίας και της Δ΄ Εθνικής Κατηγορίας σε μία εθνική κατηγορία των 6 (και εν συνεχεία των 4) ομίλων, ο ρόλος του Ειδικού Πρωταθλήματος απέκτησε βαρύνουσα σημασία.[3]
Την αγωνιστική περίοδο2014–2015 διεξήχθη για 22η φορά και την άνοδο στην Γ΄ Εθνική Κατηγορία για την αγωνιστική περίοδο2015–2016 κατέκτησαν οι πρωταθλητές εκάστου ομίλου, συνολικά 14 σύλλογοι, ενώ την αγωνιστική περίοδο2015–2016 οι δυο πρώτοι κάθε ομίλου, 28 δηλαδή ομάδες, προβιβάστηκαν στην Γ΄ Εθνική Κατηγορία. Από το 2017 έως το 2021 δεν διεξήχθη το Πρωτάθλημα Πρωταθλητριών Ε.Π.Σ. οριστικά, και όλες οι πρωταθλήτριες των τοπικών Ε.Π.Σ. προβιβάστηκαν.[4] Το 2022, μετά από 6 χρόνια, η διοργάνωση επανασυστάθηκε σε 8 ομίλους των 56 πρωταθλητριών ομάδων των Ε.Π.Σ..
Άνοδος στη Β΄ Εθνική Κατηγορία (1968–1977)
Στον παρακάτω πίνακα αναφέρονται οι νικήτριες ομάδες των αγώνων μπαράζ (ή play off όπως θα μπορούσαν να αναφερθούν με την σημερινή ορολογία) που προέκυψαν από τους κατά τόπους ομίλους, μετά την λήξη των πρωταθλημάτων των Ε.Π.Σ. τις αγωνιστικές περιόδους 1967–1968 έως 1976–1977 με σκοπό τον προβιβασμό στη Β΄ Εθνική Κατηγορία.
Ενδεικτικές βαθμολογίες ομίλων του Πρωταθλήματος Πρωταθλητριών Ε.Π.Σ. από τις αγωνιστικές περιόδους 1973–1974 και 1975–1976.
Στον παρακάτω πίνακα αναφέρονται οι νικήτριες ομάδες των αγώνων μπαράζ που προέκυψαν από τους κατά τόπους ομίλους μετά την λήξη των τοπικών πρωταθλημάτων των Ε.Π.Σ. τις αγωνιστικές περιόδους 1986–1987 έως 2000–2001, όποτε αυτοί διεξήχθησαν, με σκοπό τον προβιβασμό στην Δ΄ Εθνική Κατηγορία. Είναι αξιοσημείωτο ότι τις χρονιές που διεξήχθησαν μπαράζ ανόδου, η Δ΄ Εθνική Κατηγορία διοργανώθηκε σε μόλις 4 ομίλους, συνεπώς ήταν αδύνατον να προκριθούν όλες οι πρωταθλήτριες ομάδες των Ε.Π.Σ.. Το 2012, μετά από 11 χρόνια, επανήλθε ο θεσμός του Πρωταθλήματος Πρωταθλητριών Ε.Π.Σ. προκειμένου να περιορισθεί ο αριθμός των ομίλων και των ομάδων της Δ΄ Εθνικής Κατηγορίας.
Στον παρακάτω πίνακα αναφέρονται οι νικήτριες ομάδες των αγώνων μπαράζ που προέκυψαν από τους κατά τόπους ομίλους μετά την λήξη των τοπικών πρωταθλημάτων των Ε.Π.Σ. της τετραετίας 2013–2016, μετά από την κατάργηση της Δ΄ Εθνικής Κατηγορίας, με σκοπό τον προβιβασμό στην Γ΄ Εθνική Κατηγορία. Το 2022, μετά από 6 χρόνια, η διοργάνωση επανασυστάθηκε σε 8 ομίλους των 56 πρωταθλητριών ομάδων των Ε.Π.Σ..
