Την αγωνιστική περίοδο 1987–1988 θεσπίστηκε επίσημα η Δ΄ Εθνική Κατηγορία ως η τέταρτη κατηγορία του ελληνικού ποδοσφαίρου. Την πρώτη χρονιά διεξήχθη σε τέσσερις ομίλους, με τις τέσσερις πρωταθλήτριες ομάδες να κερδίζουν τον προβιβασμό στη Γ΄ Εθνική Κατηγορία. Σύντομα όμως η κατηγορία άρχισε να διογκώνεται, με αποτέλεσμα στο πρώτο μισό της δεκαετίας του 1990 να διεξάγεται ακόμα και σε 12 ομίλους και έναν τεράστιο αριθμό ομάδων, ο οποίος την περίοδο 1991–1992 είχε φτάσει στις 231.
Στην συνέχεια επιχειρήθηκε μία σταδιακή μείωση του τεράστιου όγκου των συμμετοχών, με αποτέλεσμα στο ξεκίνημα της δεκαετίας του 2000 οι όμιλοι να επανέλθουν στους τέσσερις και οι ομάδες μόλις στις 64. Από το 2002–2003 ως σήμερα ο αριθμός των ομίλων έχει σταθεροποιηθεί στους 10, ενώ το σύνολο των ομάδων που συμμετέχουν κυμαίνεται μεταξύ 150 και 160. Η αρίθμηση των ομίλων γίνεται από βορρά προς νότο.
Οι νικήτριες ομάδες των ομίλων εξασφαλίζουν τον προβιβασμό τους στη Γ΄ Εθνική Κατηγορία. Ορισμένες χρονιές, λόγω αναδιάρθρωσης των κατηγοριών προβιβάστηκαν και οι δεύτερες ομάδες, ενώ την αγωνιστική περίοδο του 1988–1989 είχαν προβιβαστεί οι έξι πρώτες ομάδες του κάθε ομίλου.[3] Στον αντίποδα, πάλι λόγω αναδιάρθρωσης, υπήρξε μία χρονιά (2002–2003), οπότε και υπήρξαν κάποιες νικήτριες ομίλων οι οποίες τελικά δεν προβιβάστηκαν απευθείας, αφού υποχρεώθηκαν να δώσουν αγώνες μπαράζ με νικήτριες άλλων ομίλων.
Οι ομάδες που κατακτούν τις τελευταίες θέσεις της βαθμολογίας (ο αριθμός ποικίλει από χρονιά σε χρονιά και από όμιλο σε όμιλο) υποβιβάζονται στα τοπικά πρωταθλήματα των Ενώσεων Ποδοσφαιρικών Σωματείων και αντικαθίστανται από τις πρωταθλήτριες ομάδες των τοπικών πρωταθλημάτων των Ε.Π.Σ.. Τις αγωνιστικές περιόδους 1988–1989 και 1989–1990, δεν υποβιβάστηκε καμία ομάδα.
Όσον αφορά στις πρωταθλήτριες των τοπικών Ενώσεων Ποδοσφαιρικών Σωματείων, αυτές κατά κανόνα ανέρχονται απευθείας στη Δ΄ Εθνική. Εξαίρεση αποτέλεσαν οι περίοδοι 1986–1987, 1987–1988, 1998–1999, 1999–2000 και 2000–2001, όταν διοργανώθηκαν προκριματικοί αγώνες, με στόχο τον περιορισμό των ομάδων που θα ανέβαιναν στη Δ΄ Εθνική Κατηγορία, συνήθως λόγω αναδιάρθρωσης των ομίλων της κατηγορίας. Το ίδιο μάλιστα σύστημα εφαρμόσθηκε εκ νέου την αγωνιστική περίοδο 2011–2012, αφού η Δ΄ Εθνική Κατηγορία όδευε προς κατάργηση ή συγχώνευση με την Γ΄ Εθνική Κατηγορία (Football League 2).
Την αγωνιστική περίοδο 2013–2014 το ερασιτεχνικό πρωτάθλημα της Δ΄ Εθνικής Κατηγορίας καταργήθηκε, και το επαγγελματικό πρωτάθλημα της Γ΄ Εθνικής Κατηγορίας απέκτησε ερασιτεχνική μορφή με διοργανώτρια αρχή την Ε.Π.Ο..
Στους πίνακες που ακολουθούν αναφέρονται οι νικήτριες ομάδες όλων των ομίλων της Δ΄ Εθνικής Κατηγορίας, από την αγωνιστική περίοδο 1982–1983, καθώς επίσης και ο αριθμός των ομίλων και των συλλόγων που συμμετείχαν την κάθε χρονιά.
