Το Περιφερειακό Πρωτάθλημα διεξαγόταν με το σύστημα των ομίλων. Οι όμιλοι δεν είχαν τον ίδιο αριθμό ομάδων. Ο πρωταθλητής κάθε ομίλου ανέβαινε στην Α΄ Εθνική Κατηγορία. Οι όμιλοι καταρτίζονταν με βάση γεωγραφικά κριτήρια ώστε τα σωματεία να μην έχουν πολυέξοδες μετακινήσεις. Αυτό γίνεται λόγω των άσχημης οικονομικής κατάστασης των σωματείων, τα οποία δεν μπορούν να ανταπεξέλθουν σε μεγάλες δαπάνες. Τη σεζόν 2009–10, η τελευταία για το περιφερειακό πρωτάθλημα, διεξήχθησαν 5 όμιλοι.
Το νέο πρωτάθλημα της Β΄ Εθνικής Κατηγορίας διεξάγεται επίσης με ομίλους, λιγότερους αυτή τη φορά. Για τη σεζόν 2010–11 οι ομάδες χωρίστηκαν σε 2 ομίλους, το Βόρειο και το Νότιο, με 6 ομάδες ο καθένας.
Τώρα το πρωτάθλημα της Β κατηγορίας διεξάγεται σε 4 ομίλους με γεωγραφικά κριτήρια, με 9 ομάδες ο κάθε όμιλος. Ο πρωταθλητής του κάθε ομίλου ανεβαίνει στην Α΄ Εθνική Κατηγορία. Κάποιες ομάδες που το αντρικό τους τμήμα παίζει στη Super League 1 το γυναικείο τους παίζει στην Β΄ Εθνική Κατηγορία όπως ο Άρης Θεσσαλονίκης, ο Ν.Π.Σ. Βόλος και ο Ατρόμητος Αθηνών.[3][4]
↑Την περίοδο 2012–13 διεξήχθησαν πλέι οφ για την άνοδο στην Α' Εθνική, μεταξύ των τεσσάρων πρώτων ομάδων της βαθμολογίας κάθε όμιλου. Πρωταθλήτρια κάθε ομίλου αναδείχθηκε η πρώτη ομάδα της βαθμολογίας της κανονικής περιόδου. Από τον 1ο όμιλο την άνοδο στην Α' Εθνική κέρδισε η 3η ομάδα της βαθμολογίας, Πανσερραϊκή.
↑Από τον 2ο όμιλο την άνοδο στην Α' Εθνική κέρδισε η 2η ομάδα της βαθμολογίας, Α.Ο. Χανιά.
↑Από τον 2ο όμιλο την άνοδο στην Α' Εθνική κέρδισε η 2η ομάδα της βαθμολογίας, Δόξα Πηγαδακίων, κατόπιν προσφυγής κατά της ΕΠΟ για το λόγο ότι οι Νέες Ατρομήτου 2018 δεν είχαν ενταχθεί στο Μητρώο Ερασιτεχνών Σωματείων.[5]