Ξεκίνησε το διήμερο 20–21 Οκτωβρίου 2012 με τους αγώνες της πρώτης αγωνιστικής. Το πρωτάθλημα είχε αρχικά σχεδιαστεί να διεξαχθεί με τη συμμετοχή 96 ομάδων, χωρισμένων σε έξι ομίλους. Για τον λόγο αυτό δεν προβιβάστηκαν όλοι οι πρωταθλητές των Ενώσεων Ποδοσφαιρικών Σωματείων, άλλα πραγματοποιήθηκαν τον Μάιο αγώνες μπαράζ με την μορφή του Πρωταθλήματος Πρωταθλητριών Ε.Π.Σ. 2012. Τον Αύγουστο όμως η Ε.Π.Ο. με νέα απόφαση, ακύρωσε τη διαδικασία των μπαράζ αποφασίζοντας την άνοδο όλων των πρωταθλητών και τη διεξαγωγή του νέου πρωταθλήματος με 124 ομάδες οι οποίες χωρίστηκαν σε 10 ομίλους.[2][3][4] Τελικά, το πρωτάθλημα ξεκίνησε με 107 ομάδες, αφού 16 ομάδες παραιτήθηκαν και ο Α.Ο. Καβάλα με απόφαση της ΕΠΟ συνέχισε στο πρωτάθλημα της Football League 2012–2013.[5][6][7]
Οι ομάδες που παραιτήθηκαν ήταν οι: Κτηνοτροφικός Αστέρας Καληράχης, Ένωση Άνθειας–Αρίστεινου, Θύελλα Αμπελοκήπων, Π.Α.Ο. Κρύας, Α.Ο. Διλινάτα, Μολαϊκός, Αστέρας Μαγικού, Άρης Αμφιάλης, Μέγας Αλέξανδρος Νέου Μυλοτόπου, Ά.Ε. Βαθύλλου–Πανσαμιακού, Ελλάς Άνω Καλλινίκης, Αετός Σκύδρας, Π.Ο. Νέας Καλλικράτειας, Αετός Βαρβάρας, Ατρόμητος Αγίου Γεωργίου Χίου και Όλυμπος Αγιάσου. Επίσης, δεν έγινε δεκτό το αίτημα του Μακεδονικού Νεάπολης να αγωνιστεί στο πρωτάθλημα της Δ΄ Εθνικής Κατηγορίας.[8]
Στον πρώτο όμιλο συμμετείχαν 10 ομάδες. Αυτές ήταν οι Ολυμπιακός Ροδόπολης, Γ.Σ. Προσοτσάνη, Έβρος Σουφλίου, Μέγας Αλέξανδρος Νέας Ζίχνης, Π.Α.Ο. Κοσμίου, Ορφέας Ελευθερούπολης, Βυζάντιο Κοκκινοχώματος, Άρης Ακροπόταμου, Δόξα Πετρούσας και Οδυσσέας Αναγέννησης.
Οι νομοί από τους οποίους προέρχονταν ήταν: Έβρος, Ροδόπη, Ξάνθη, Καβάλα, Δράμα, Σέρρες.
Στον πρώτο όμιλο συμμετείχαν 10 ομάδες. Αυτές ήταν οι Διγενής Λακκώματος, Κιλκισιακός, Δόξα Χέρσου, Ηρακλής Αμπελοκήπων, Εθνικός Νέου Αγιονερίου, Καμπανιακός, Εθνικός Νέων Μαλγάρων, Αγροτικός Αστέρας, Π.Α.Ο. Κρηστώνης και Αχιλλέας Τριανδρίας.
Οι νομοί από τους οποίους προέρχονταν ήταν: Κιλκίς, Πέλλα, Θεσσαλονίκη, Χαλκιδική.
Στον έκτο όμιλο συμμετέχουν 10 ομάδες. Αυτές ήταν οι Π.Φ.Ο. Πανόπουλου, Εθνικός Μελιγαλά, Ατρόμητος Λάππα, Δόξα Νέας Μανωλάδας, Πάμισος Μεσσήνης, Εθνικός Σαγέικων, Αχαϊκή, Διαγόρας Βραχνέικων, Εράνη Φιλιατρών και Παναρκαδικός.
Οι νομοί από τους οποίους προέρχονται ήταν: Αχαΐα, Ηλεία, Μεσσηνία, Λακωνία, Αρκαδία, Κεφαλληνία, Ζάκυνθος.
Στον έβδομο όμιλο συμμετείχαν 11 ομάδες. Αυτές ήταν οι Πέλοπας Κιάτου, Παναργειακός, Α.Ο. Λουκισίων, Α.Ε. Ερμιονίδας, Πορτοχελιακός, Α.Ο. Χαλκίδα, Παρνασσός Αράχοβας, Πανελευσινιακός, Πανναυπλιακός, Ευβοϊκός Αγίου Νικολάου και Μανδραϊκός.
Οι νομοί από τους οποίους προέρχονταν ήταν: Αργολίδα, Κορινθία, Εύβοια, Βοιωτία, Δυτική Αττική.
Στον δέκατο όμιλο συμμετείχαν 10 ομάδες. Αυτές ήταν οι Ερμής Ζωνιανών, Α.Ε. Κατσαμπά, Πατούχας Βιάννου, Κισσαμικός, Γιούχτας Αρχανών, Αναγέννηση Ιεράπετρας, Ο.Φ. Ιεράπετρας, Π.Ο. Ατσαλένιου, Ηρόδοτος Νέας Αλικαρνασσού και Π.Α.Ο. Κρουσώνα.
Οι νομοί από τους οποίους προέρχονταν ήταν: Χανιά, Ρέθυμνο, Ηράκλειο, Λασίθι.