Το πρωτάθλημα της Γ΄ Εθνικής ποδοσφαίρου ανδρών της περιόδου 2008-09 ξεκίνησε στις 13 Σεπτεμβρίου 2008 με τη συμμετοχή 36 ομάδων, χωρισμένων σε δύο ομίλους.[1]
Με το τέλος του πρωταθλήματος την άνοδο στην Β΄ Εθνική εξασφάλισαν οι Γ.Σ. Ηλιούπολη και Δόξα Δράμας που κατέλαβαν τις πρώτες θέσεις στους ομίλους τους. Επίσης την άνοδο εξασφάλισαν, ο Παναιτωλικός, ο νικητής του αγώνα μπαράζ της ανόδου, άλλα και ο Α.Σ. Ρόδος, ο ηττημένος του αγώνα μπαράζ της ανόδου, καθώς προέκυψε μία ακόμα θέση στην κατηγορία, μετά τον απευθείας υποβιβασμό του Απόλλωνα Καλαμαριάς στη Δ΄ Εθνική, λόγω σοβαρών οικονομικών προβλημάτων.
[2][3][4]
Η Δόξα Δράμας, μία από τις τέσσερις ομάδες που κέρδισαν την άνοδο στην Β΄Εθνική, είχε αποβληθεί από το προηγούμενο πρωτάθλημα λόγω οικονομικών προβλημάτων και είχε υποβιβαστεί στη Δ΄Εθνική. Επανήλθε όμως ξανά στη Γ Εθνική καθώς απορρόφησε το σωματείο Α.Ο. Εθνικός-Ολυμπιακός Βόλου και αγωνίστηκε στη θέση του.[5]
Κατά τη διάρκεια του πρωταθλήματος αποβλήθηκαν οι ομάδες: Αναγέννηση Άρτας, Ένωση Θράκης και Αιολικός που αντιμετώπιζαν οικονομικά προβλήματα. Μετά το τέλος του πρωταθλήματος αποβλήθηκε για τους ίδιους λόγους και ο Φωστήρας, ο οποίος είχε τερματίσει 4ος στον νότιο όμιλο.[6]
↑Ο Α.Σ. Ρόδος αν και ηττήθηκε στον αγώνα μπαράζ της ανόδου εξασφάλισε την άνοδό της στη Β΄Εθνική, καθώς προέκυψε μία ακόμα θέση στην κατηγορία, μετά τον απευθείας υποβιβασμό του Απόλλωνα Καλαμαριάς στη Δ΄ Εθνική, λόγω σοβαρών οικονομικών προβλημάτων.[4]
↑Ο Φωστήρας μετά το τέλος του πρωταθλήματος υποβιβάστηκε στην Δ΄Εθνική λόγω οικονομικών προβλημάτων. Κατά τη διάρκεια του πρωταθλήματος του είχαν αφαιρεθεί τρεις βαθμοί, λόγω επεισοδίων που προκάλεσαν οι οπαδοί του στον αγώνα με την Ηλιούπολη.[7]
↑Ο Αιολικός αποβλήθηκε κατά τη διάρκεια του πρωταθλήματος λόγω οικονομικών προβλημάτων.
↑Η Αναγέννηση Άρτας αποβλήθηκε κατά τη διάρκεια του πρωταθλήματος λόγω οικονομικών προβλημάτων
↑Η Ένωση Θράκης αποβλήθηκε κατά τη διάρκεια του πρωταθλήματος λόγω οικονομικών προβλημάτων
Αγώνας μπαράζ
Ο αγώνας μπαράζ διεξήχθη μεταξύ των ομάδων που κατέλαβαν τη δεύτερη θέση στους ομίλους τους, ώστε να προκύψει η τρίτη ομάδα που θα ανέβει στην Β´ Εθνική. Νικητής της αναμέτρησης ήταν ο Παναιτωλικός. Ο αγώνας αποδείχθηκε άνευ σημασίας αφού λίγο αργότερα εξασφαλίστηκε μία ακόμα θέση στην Β εθνική, λόγω του απευθείας υποβιβασμού της Καλαμαριάς, την οποία κατέλαβε η ομάδα της Ρόδου.[3][4]