Το πρωτάθλημα της Β΄ Εθνικής κατηγορίας ποδοσφαίρου Ελλάδας για την αγωνιστική περίοδο 2009–2010 διεξήχθη με την συμμετοχή 18 ομάδων. Ο πρώτος αγώνας της περιόδου έγινε στις 11 Σεπτεμβρίου 2009 στο Βόλο με αντιπάλους τον Ολυμπιακό Βόλου και την Κέρκυρα,[1] τις δύο δηλαδή ομάδες που συμπτωματικά μετά τη λήξη της περιόδου κατέκτησαν τις 2 πρώτες θέσεις της βαθμολογίας και την απ' ευθείας άνοδό τους στη Super League. Την οργάνωση του πρωταθλήματος είχε αναλάβει η Ένωση Επαγγελματικού Ποδοσφαίρου Β΄ και Γ΄ κατηγορίας.
Η ομάδα του Αιγάλεω αντικατέστησε αυτήν του Ηλυσιακού καθώς προήλθε συγχώνευση των δύο συλλόγων και επικράτηση της ονομασίας του πρώτου,[2] ενώ ο Α.Σ. Ρόδος αντικατέστησε ως πρώτη επιλαχούσα την ομάδα του Απόλλωνα Καλαμαριάς, ο οποίος λόγω χρεών βρέθηκε στη Δ' εθνική.[3]
Μετά τη λήξη της κανονικής περιόδου, διεξήχθη διαδικασία play off, κατά τα πρότυπα της Super League, όπου αγωνίστηκαν για μία θέση προβιβασμού οι ομάδες που κατατάχθηκαν στις θέσεις 3 έως 6 στην κανονική περίοδο, τη στιγμή που οι 2 πρώτες ομάδες κέρδισαν την απ' ευθείας άνοδο. Εκεί, ο Πανσερραϊκός επικράτησε των αντιπάλων του και επανήλθε μετά από απουσία ενός χρόνου στη μεγάλη κατηγορία.
Παράλληλα διεξήχθησαν και αγώνες play out, όπου και αγωνίστηκαν με σκοπό την αποφυγή του υποβιβασμού οι ομάδες που κατατάχθηκαν στις θέσεις 13 έως 16 στην κανονική περίοδο, ενώ οι 2 τελευταίες ομάδες υποβιβάστηκαν απ' ευθείας στη Γ' εθνική. Δεν τα κατάφερε στη διαδικασία αυτή να κρατηθεί στην κατηγορία, ο Α.Σ. Ρόδος.