Το πρωτάθλημα Β΄ Εθνικής 1965-66 διεξήχθη σε τρεις ομίλους των 16 ομάδων, δηλαδή μετείχαν συνολικά 48 ομάδες. Οι νικητές των ομίλων προκρίθηκαν στην τελική φάση, από την οποία οι δύο ανέβηκαν στην Α΄ εθνική κατηγορία.
Διοργάνωση
Το 1965-66 έγινε μια προσπάθεια εξορθολογισμού του πρωταθλήματος Β΄ εθνικής, με τη δημιουργία τριών ομίλων των 16 ομάδων, από τις οποίες θα υποβιβάζονταν οι 15 (5Χ3) στη Γ΄ Εθνική. Όμως, η προσπάθεια έμεινε ημιτελής. Διότι, τελικά δεν υποβιβάστηκε καμιά ομάδα και αποφασίστηκε την επόμενη σεζόν οι ομάδες να γίνουν 18 σε κάθε όμιλο. Κατά τα άλλα, όπως και τις προηγούμενες σεζόν, οι νικητές των ομίλων (τρεις αυτή τη φορά) πέρασαν στην τελική φάση, όπου διεκδίκησαν την άνοδο στην Α΄ εθνική κατηγορία. Ανέβηκαν οι δύο πρώτοι του τελικού ομίλου.
*Οι Α.Ο. Ιωαννίνων και Αβέρωφ Ιωαννίνων συγχωνεύτηκαν, προκύπτοντας οι Π.Α.Σ. Γιάννινα (μετονομασία ΑΟΙ) και Α.Ο. Μπιζάνι (μετονομασία Αβέρωφ).
**Από μετονομασία της Ατλαντίδας Χανίων.[3]
***Από συγχώνευση Αιολικού, Α.Ε. Μυτιλήνης και Α.Ο. Λέσβου.[4]
****Ο Α.Ο. Καβάλα, επισήμως μετείχε στο πρωτάθλημα με την επωνυμία «Φίλιπποι».[5]