Το πρωτάθλημα Β΄ Εθνικής 1979-80 διεξήχθη σε δύο ομίλους των 20 ομάδων, οι νικητές των οποίων ανέβηκαν απευθείας στην Α΄ εθνική κατηγορία.
Διοργάνωση
Το πρωτάθλημα Β΄ Εθνικής του 1979-80 δεν είχε καμιά καινοτομία σε σχέση με εκείνο του 1978-79. Διεξήχθη και πάλι σε δύο ομίλους, Βόρειο και Νότιο. Οι πρωταθλητές των δύο ομίλων ανέβηκαν στην Α΄ Εθνική, ενώ υποβιβάστηκαν στο ερασιτεχνικό πρωτάθλημα οκτώ ομάδες (τέσσερις από κάθε όμιλο). Όμως, δεν τελείωσε φυσιολογικά. Σημαδεύτηκε από την απεργία του Συνδέσμου των ποδοσφαιριστών που έγινε επί τέσσερις αγωνιστικές στο μέσον της αγωνιστικής περιόδου. Οι παίκτες ζητούσαν να εφαρμοστεί και στη Β΄ Εθνική ο επαγγελματισμός που είχε ξεκινήσει στην Α΄ Εθνική.
Αποτέλεσμα της απεργίας ήταν πολλοί αγώνες να μη γίνουν και από όλες τις ομάδες να αφαιρεθούν λιγότεροι ή περισσότεροι βαθμοί, ανάλογα σε πόσα ματς δεν μπόρεσαν να κατεβάσουν ενδεκάδα. Για κάθε ματς που δεν μετείχαν τιμωρούνταν με αφαίρεση δύο βαθμών και ήττα 0-2. Συνολικά στους δύο ομίλους, δεν διεξήχθησαν 66 αγώνες. Στον Νότιο 40 (εκ των οποίων σε 10 περιπτώσεις η μία από τις δύο ομάδες κατέβηκε, με αποτέλεσμα να πάρει τους βαθμούς της νίκης) και στον Βόρειο 26 (εκ των οποίων σε 9 περιπτώσεις η μία από τις δύο ομάδες κατέβηκε).
