Στην 68η διοργάνωση του κυπέλλου Ελλάδας 2009-10 μετείχαν συνολικά 70 ομάδες (16 Α' εθνικής, 18 Β' εθνικής και 36 Γ' εθνικής κατηγορίας). Θα διεξαχθεί σε 8 γύρους, συμπεριλαμβανομένου του τελικού.
Το σύστημα διεξαγωγής παραμένει το ίδιο όπως ισχύει από τη σαιζόν 2005-06 και όπως τροποποιήθηκε για τις φάσεις των "16" και των "8", ξεκινώντας με ομάδες Γ' εθνικής και σταδιακά να εισέρχονται οι ομάδες της Β' και της Α' εθνικής, ενώ στους μονούς νοκ άουτ αγώνες των πρώτων φάσεων οι ομάδες μικρότερης κατηγορίας ορίζονται πάντα γηπεδούχες. Αναλυτική αναφορά για το σύστημα διεξαγωγής μπορείτε να δείτε εδώ. Ο τελικός της διοργάνωσης θα διεξαχθεί στο Ολυμπιακό Στάδιο της Αθήνας. [1]
Από τις χαρακτηριστικές στιγμές του κυπέλλου αυτής της χρονιάς ήταν ο αποκλεισμός του κυπελλούχου της προηγούμενης χρονιάς Ολυμπιακού στον πρωτο του αγώνα στην διοργάνωση με αντίπαλο τον Πανσερραϊκό στις Σέρρες αλλά και της φιναλίστ του προηγούμενου τελικού, ΑΕΚ, στον ίδιο γύρο (4ο) από τον Θρασύβουλο. Την έκπληξη πραγματοποίησε η Καλλιθέα, που αν και αγωνιζόταν στην Γ' Εθνική κατάφερε να φτάσει μέχρι τα προημιτελικά της διοργάνωσης, ενώ η ήττα του ΠΑΟΚ από το ΠΑΣ Γιάννινα με 4-0, μια περίοδο που η ομάδα της Θεσσαλονίκης είχε την καλύτερη άμυνα στο πρωτάθλημα, χωρίς να έχει δεχθεί γκολ για αρκετούς αγώνες, προκάλεσε εντύπωση.
Στον τελικό τις 24ης Απριλίου στο Ολυμπιακό Στάδιο, έφτασαν ο πρωταθλητής της χρονιάς Παναθηναϊκός και ο Άρης. Κυπελλούχος αναδείχθηκε ο Παναθηναϊκός νικώντας τον Άρη με 1-0.
Στα αξιοσημείωτα του τελικού καταγράφεται το γεγονός ότι ο Άρης πέτυχε ρεκόρ μαζικότερης μετακίνησης οπαδών. Περίπου 30.000 φίλαθλοι ακολούθησαν την ομάδα τους στο ΟΑΚΑ σχηματίζοντας ουρά πολλών χιλιομέτρων στην εθνική οδό Θεσσαλονίκης-Αθηνών από πλήθος λεωφορείων καθώς και ΙΧ αυτοκινήτων. Είναι χαρακτηριστικό ότι το τελευταίο όχημα της πομπής έφτασε στο γήπεδο τρεις ώρες μετά την άφιξη του πρώτου!
