Ξεκίνησε τη σταδιοδρομία του από τις ακαδημίες του Απόλλωνα Σμύρνης και συνέχισε στις ακαδημίες του Παναθηναϊκού. Τον Δεκέμβριο του 2006, μετά από υπόδειξη του προπονητή του Παναθηναϊκού Βίκτορ Μουνιόθ στη διοίκηση της ομάδας, ο Νίνης υπέγραψε το πρώτο του επαγγελματικό συμβόλαιο. Είναι από τους νεότερους ποδοσφαιριστές που έχουν αγωνιστεί στον Παναθηναϊκό σε επίσημο αγώνα και αυτό έγινε στις 7 Ιανουαρίου 2007, στη νίκη εναντίον του Αιγάλεω με σκορ 1-0, όντας σε ηλικία 16 ετών και 9 μηνών, αφήνοντας από την πρώτη του εμφάνιση πολύ καλές εντυπώσεις.
Σκόραρε το πρώτο του τέρμα στον αγώνα κόντρα στον Πανιώνιο στις 27 Ιανουαρίου 2007 και έγινε ο δεύτερος νεότερος παίκτης που σκοράρει στο πρωτάθλημα της Α' Εθνικής, σε ηλικία 16 ετών, 9 μηνών και 24 ημερών, μετά τον Θωμά Μαύρο του Πανιωνίου. Ταυτόχρονα έγινε ο νεότερος σκόρερ με την ομάδα του Παναθηναϊκού.
Στις 18 Φεβρουαρίου του 2007 έγινε και ο νεότερος παίκτης που έχει σκοράρει σε ντέρμπι, πετυχαίνοντας τέρμα στον αγώνα εναντίον της ΑΕΚ, το οποίο έληξε 4-1 υπέρ των «πρασίνων» και ο Νίνης ψηφίστηκε ως πολυτιμότερος παίκτης του αγώνα. Στο τέλος της αγωνιστικής περιόδου ψηφίστηκε ως ο καλύτερος νέος ποδοσφαιριστής, από τους συναδέλφους του στον ΠΣΑΠ. Στις αρχές Οκτωβρίου 2007 υποβλήθηκε σε επέμβαση στους κοιλιακούς στη Γερμανία και αποφασίστηκε να παραμείνει εκτός γηπέδων για επτά εβδομάδες μέχρι να αποθεραπευτεί.
Την περίοδο 2009-10 (κατά την οποία κατέκτησε το νταμπλ στην Ελλάδα) η σταδιοδρομία του γνώρισε μεγάλη άνθιση και πολλές ομάδες μεγάλης κλάσης εξέφρασαν το ενδιαφέρον τους για τον νεαρό μέσο του "τριφυλλιού", όπως η Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ από την Αγγλία αλλά και ομάδες από την Ιταλία, έπειτα από τις εξαιρετικές εμφανίσεις που είχε κάνει στους αγώνες του Παναθηναϊκού ενάντια στη Ρόμα τον Φεβρουάριο του 2010, στα πλαίσια του Europa League. Ειδικά στον επαναληπτικό αγώνα της Ρώμης πραγματοποίησε καταπληκτική εμφάνιση με ένα κερδισμένο πέναλτι, μία ασίστ και ένα τέρμα, που είχαν ως αποτέλεσμα την ανάδειξή του σε κορυφαίο ποδοσφαιριστή της αναμέτρησης.
Πάρμα
Τον Ιανουάριο του 2012 έκανε γνωστό πως από το καλοκαίρι της ίδιας χρονιάς θα συνεχίσει την καριέρα του σε σύλλογο του εξωτερικού. Δύο μήνες αργότερα έγινε γνωστή η συμφωνία του για τριετές συμβόλαιο με την ιταλικήΠάρμα. Ο Παναθηναϊκός για τη μεταγραφή του έλαβε ως χρηματικό αντίτιμο τα "τροφεία" του παίκτη, καθώς επρόκειτο για "προϊόν" των "πράσινων" ακαδημιών, που ανήλθαν κοντά στο ένα εκατομμύριο ευρώ. Στον τελευταίο του αγώνα με την φανέλα του Παναθηναϊκού, πραγματοποίησε την καλύτερή του εμφάνιση της χρονιάς, χωρίς ωστόσο να πετύχει κάποιο τέρμα, με τον κόσμο να τον αποθεώνει κατά την αλλαγή του προς το τέλος της αναμέτρησης και με τον Γιώργο Καραγκούνη και τον ίδιο, εμφανώς συγκινημένο, να ανταποδίδει το χειροκρότημα.
ΠΑΟΚ (δανεισμός)
Για την αγωνιστική περίοδο 2013-14 παραχωρήθηκε από τον ιταλικό σύλλογο ως δανεικός στον ΠΑΟΚ[2] για έναν χρόνο, ενώ τον Αύγουστο του 2014 ανακοινώθηκε η λύση της συνεργασίας του με την Πάρμα, κοινή συναινέσει.[3]
Παναθηναϊκός (2015-2016)
Τον Νοέμβριο της ίδιας χρονιάς συμφώνησε με τον Παναθηναϊκό, με τον οποίο απέκτησε δικαίωμα συμμετοχής τον Ιανουάριο του 2015.[4]
Βέλγιο
Τον Ιανουάριο του 2016 αποκτήθηκε ως ελεύθερος από τη βελγικήΣαρλερουά[5] όπου παρέμεινε για έναν χρόνο, μέχρι τον Ιανουάριο του 2017,[6] όταν αποχώρησε ως ελεύθερος για να συνεχίσει στην επίσης βελγική Μαλίν.[7] Έπειτα από εννέα μήνες, τον Σεπτέμβριο του 2017, έλυσε το συμβόλαιό του με τον σύλλογο.[8]
Τον Οκτώβριο του 2018, ο Νίνης εντάχθηκε στη Χαπόελ Ασκελόν.[10] Στις 8 Οκτωβρίου 2018, σκόραρε στο ντεμπούτο του, ως αλλαγή, στη νίκη με 2–1 επί της Χαπόελ Κφαρ Σάμπα.[11]
Βόλος
Στις 18 Αυγούστου 2020, ο Νίνης υπέγραψε μονοετές συμβόλαιο με τον Βόλο.[12]
ΠΑΣ Γιάννινα
Στις 18 Νοεμβρίου 2022 υπέγραψε συμβόλαιο μέχρι το καλοκαίρι του 2024 με τον ΠΑΣ Γιάννινα.[13]
Κηφισιά
Στις 19 Ιουλίου 2023 ο Νίνης υπέγραψε συμβόλαιο συνεργασίας με την νεοφώτιστη ομάδα της Σούπερ Λιγκ, την Κηφισιά.
Τον Μάρτιο του 2007 κλήθηκε στην Εθνική Ελπίδων, με την οποία πραγματοποίησε το ντεμπούτο του στις 27 Μαρτίου στον αγώνα εναντίον της Δανίας (Κ-21). Το καλοκαίρι του ίδιου έτους κατέκτησε το αργυρό μετάλλιο με την ομάδα των Ελπίδων, γεγονός που έκανε τον τότε προπονητή της ανδρικής εθνικής ομάδας Ότο Ρεχάγκελ να τον καλέσει στην Ανδρών, έναν χρόνο αργότερα.
Συγκεκριμένα, τον Μάιο του 2008 κλήθηκε να αγωνιστεί για πρώτη φορά στην Εθνική Ανδρών. Η πρώτη του συμμετοχή ήταν σε φιλικό αγώνα με την Κύπρο στο Παμπελοποννησιακό Στάδιο στις 19 Μαΐου 2008. Σκόραρε για πρώτη φορά φορώντας τη φανέλα με το εθνόσημο στον ίδιο αγώνα εναντίον της Κύπρου και έγινε ο νεότερος σκόρερ στην ιστορία της Ελλάδας, σε ηλικία 18 χρονών και 40 ημερών.[14]
