Ο Φερνάντο Σάντος ξεκίνησε την ποδοσφαιρική του καριέρα από τα τμήματα υποδομών της Μπενφίκα, όμως ποτέ δεν αγωνίστηκε στην πρώτη ομάδα της. Ως ποδοσφαιριστής αγωνιζόταν ως δεξιός οπισθοφύλακας. Το 1972 ξεκίνησε την επαγγελματική του καριέρα στην Εστορίλ με την οποία έπαιξε και στις τρείς μεγαλύτερες κατηγορίες του πορτογαλικού πρωταθλήματος. Στις 7 Σεπτεμβρίου 1975 έκανε το ντεμπούτο στην Πρώτη Κατηγορία Πορτογαλίας. Το 1979 μετακόμισε στη Μαρίτιμο και το 1980 έπεστρεψε στην Εστορίλ, όμάδα στην οποία τελείωσε και την καριέρα του το 1987.
Καριέρα ως προπονητής
Εστορίλ και Αμαδόρα
Το 1987 ο Σάντος ξεκίνησε την καριέρα του ως προπονητής, αναλαμβάνοντας την ομάδα με τη φανέλα της οποίας αγωνίστηκε τελευταία φορά ως ποδοσφαιριστής, την Εστορίλ, τότε ομάδα Γ' κατηγορίας της Πορτογαλίας. Στα επτά χρόνια που έμεινε στην Εστορίλ, η ομάδα ανέβηκε δύο κατηγορίες και στη συνέχεια είχε διαρκή παρουσία στην πρώτη κατηγορία του πορτογαλικού πρωταθλήματος.
Το 1994 ανέλαβε την Εστρέλα Αμαδόρα, που μόλις πριν έναν χρόνο, είχε κερδίσει την άνοδό της στην Α' κατηγορία. Με τον Σάντος στον πάγκο η Αμαδόρα κατάφερε να έχει σταθερή πορεία για τέσσερα χρόνια, την τελευταία μάλιστα χρονιά του Σάντος κατέλαβε την έβδομη θέση, την καλύτερη μέχρι σήμερα στην ιστορία του συλλόγου.
Πόρτο
Η επιτυχημένη χρονιά και η έβδομη θέση με την Αμαδόρα, καθώς και μια νίκη επί της Πόρτο με 2-1, έκαναν τον τότε πρόεδρο των πρωταθλητών Πορτογαλίας Ζόρζε Νούνο Πίντο ντα Κόστα να φέρει τον Σάντος στο Πόρτο για να αναλάβει τη θέση του προπονητή, σε μια ομάδα αποτελούμενη από αστέρες της εποχής εκείνης, όπως ο Μάριο Ζαρντέλ, ο Ζλάτκο Ζάχοβιτς και ο Λιουμπίνκο Ντρούλοβιτς, θέλοντας να συνεχίσει το σερί των συνεχόμενων πρωταθλημάτων των προηγούμενων χρόνων που πέτυχε με προπονητές όπως ο σερ Μπόμπι Ρόμπσον και ο Αντόνιο Ολιβέιρα.
Στην πρώτη χρονιά του Σάντος, η Πόρτο κατέκτησε το πρωτάθλημα Πορτογαλίας, το πέμπτο συνεχόμενο, με διαφορά οκτώ βαθμών από τη Μπενφίκα, ενώ επικράτησε και στο Σούπερ Καπ Πορτογαλίας απέναντι στη Μπράγκα.
Τη δεύτερη περίοδο (1999-2000) με τον Μάριο Ζαρντέλ σε δαιμονιώδη φόρμα (σκόραρε 50 γκολ σε 55 αγώνες και κέρδισε το Χρυσό Παπούτσι όντας πρώτος σκόρερ στην Ευρώπη), η Πόρτο έκανε στο Champions League μια εξαιρετική χρονιά. Αφού προκρίθηκε ως δεύτερη από τον όμιλο με Ρεάλ Μαδρίτης (μετέπειτα πρωταθλήτρια Ευρώπης), Ολυμπιακό και Μόλντε, συνέχισε στην επόμενη φάση προκρινόμενη και πάλι ως δεύτερη από τον όμιλο με Μπαρτσελόνα, Σπάρτα Πράγας και Χέρτα Βερολίνου. Στους προημιτελικούς αποκλείστηκε μετά από έναν συγκλονιστικό αγώνα από την Μπάγερν Μονάχου με τέρμα στο 93ο λεπτό του επαναληπτικού αγώνα στο Μόναχο. Αυτές οι επιτυχίες βοήθησαν τον Σάντος ώστε να ψηφιστεί ένατος στην κατάταξη των καλύτερων προπονητών της Ευρώπης το 2000, σύμφωνα με τη FIFA. Στο πορτογαλικό πρωτάθλημα, η Πόρτο έχασε τον τίτλο την τελευταία αγωνιστική από τη Σπόρτινγκ Λισαβόνας, κέρδισε όμως το Κύπελλο νικώντας τη Σπόρτινγκ 2-0, και το Σούπερ Καπ Πορτογαλίας επικρατώντας της Μπέιρα Μαρ.
Την τρίτη και τελευταία χρονιά του Σάντος στην Πόρτο, η ομάδα έχοντας χάσει τον Μάριο Ζαρντέλ που είχε φύγει για την τότε κάτοχο του Κυπέλλου ΟΥΕΦΑ Γαλατασαράι, αποκλείστηκε από το Champions League πολύ νωρίς, στον τρίτο προκριματικό γύρο τον Αύγουστο του 2000 από την Άντερλεχτ (ήττα 1-0 στο Βέλγιο και 0-0 στο Πόρτο), συνεχίζοντας στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ όπου αποκλείστηκε στους προημιτελικούς από τη μετέπειτα νικήτρια του τροπαίου Λίβερπουλ (0-0 στο Πόρτο και ήττα 2-0 στο Άνφιλντ). Η μεγαλύτερη όμως αποτυχία ήρθε στο πρωτάθλημα, όπου η Πόρτο, αν και ξεκίνησε καλά και ήταν πρώτη μέχρι το Δεκέμβριο, μέσα σε δύο μήνες (Δεκέμβριο και Ιανουάριο) είχε ένα καταστροφικό ντεφορμάρισμα με αποτέλεσμα να βρεθεί οκτώ βαθμούς πίσω από την Μποαβίστα τον Φεβρουάριο. Οι δέκα νίκες της ομάδας στους ισάριθμους τελευταίους αγώνες δεν κατάφεραν να αλλάξουν την κατάσταση, με την Μποαβίστα να κατακτά το μοναδικό πρωτάθλημα στην ιστορία της, έχοντας έναν βαθμό διαφορά από την Πόρτο. Ο μόνος τίτλος αυτή τη χρονιά ήταν το Κύπελλο Πορτογαλίας, με νίκη στον τελικό 2-0 επί της Μαρίτιμο, όντας ο τελευταίος του Σάντος με πορτογαλική ομάδα, καθώς η απώλεια του πρωταθλήματος για δύο συναπτά έτη, κυρίως όμως η απώλεια του πρωταθλήματος του 2001 από την Μποαβίστα, οδήγησε τον πρόεδρο των "δράκων" Ζόρζε Νούνο Πίντο ντα Κόστα να του δείξει την πόρτα της εξόδου.
ΑΕΚ (2001-02)
Τον Ιούνιο του 2001, η νέα τότε διοίκηση της ΑΕΚ προσέλαβε τον Φερνάντο Σάντος στον πάγκο της ομάδας. Η ΑΕΚ με παίκτες όπως ο Ντέμης Νικολαΐδης, ο Θοδωρής Ζαγοράκης, ο Βασίλης Τσιάρτας και ο Κάρλος Γκαμάρα, διεκδίκησε το πρωτάθλημα ως την τελευταία αγωνιστική και δύο αγωνιστικές πριν το τέλος είχε διαφορά τριών βαθμών από τον Ολυμπιακό, απέμενε όμως ο μεταξύ τους αγώνας στο ΟΑΚΑ, τον οποίο ο Ολυμπιακός κέρδισε τελικά 4-3 και έπιασε την ΑΕΚ στην κορυφή της βαθμολογίας, έχοντας όμως υπέρ του την ισοβαθμία, καθώς είχε νικήσει και στη Νέα Φιλαδέλφεια (2-3) στον πρώτο γύρο. Την τελευταία αγωνιστική, η ΑΕΚ νίκησε με 6-2 τον ΠΑΟΚ, αλλά ο Ολυμπιακός νικώντας τον Άρη στη Θεσσαλονίκη, ήταν αυτός που κατέκτησε το πρωτάθλημα. Η ΑΕΚ και ο Σάντος πήραν την "εκδίκησή" τους κερδίζοντας τον Ολυμπιακό με 2-1 στον τελικό του Κυπέλλου του 2002. Στην Ευρώπη, η ΑΕΚ αποκλείστηκε στους "16" του Κυπέλλου ΟΥΕΦΑ από την Ίντερ του Έκτορ Ραούλ Κούπερ, του Ρονάλντο, αλλά και του Γρηγόρη Γεωργάτου, που μετά το τέλος της χρονιάς αποκτήθηκε από την ΑΕΚ.
Παναθηναϊκός
Το καλοκαίρι του 2002 ο Σάντος έχοντας φύγει από την ΑΕΚ ανέλαβε τον Παναθηναϊκό διαδεχόμενος τον Σέρχιο Μαρκαριάν. Έπειτα από τέσσερις αγωνιστικές με τρεις ήττες (από Προοδευτική 0-1 στη Λεωφόρο Αλεξάνδρας, ΠΑΟΚ 4-1 στην Τούμπα και ΑΕΚ 1-0 στη Νέα Φιλαδέλφεια) και μόλις μία νίκη (1-0 τον Ιωνικό στη Νίκαια), αλλά και λόγω διαφοράς φιλοσοφίας, ο Σάντος απολύθηκε από τον Παναθηναϊκό.
Σπόρτινγκ Λισαβόνας
Το καλοκαίρι του 2003 ανέλαβε την τεχνική ηγεσία της Σπόρτινγκ Λισαβόνας, αντικαθιστώντας τον Λάζλο Μπόλονι. Εκείνο το καλοκαίρι η ομάδα έδωσε τον Κριστιάνο Ρονάλντο στη Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ έναντι 15 εκατομμυρίων ευρώ, έμειναν όμως οι δύο διεθνείς με την εθνική Πορτογαλίας, ο αμυντικός Ρούι Ζόρζε και ο τερματοφύλακας Ρικάρντο. Λίγες αγωνιστικές πριν το τέλος, έχοντας κάνει πολύ καλή πορεία στο πρωτάθλημα, η Σπόρτινγκ βρισκόταν πέντε βαθμούς πίσω από την Πόρτο του Ζοζέ Μουρίνιο, που εκείνη τη χρονιά εκτός από το Πρωτάθλημα κατέκτησε και το Champions League. Στο τέλος όμως η Σπόρτινγκ έκανε απελπιστικό φινάλε, γνωρίζοντας ήττες-σοκ όπως το 4-0 από τη Ρίο Άβε και τελικά τερμάτισε τρίτη, πίσω και από την Μπενφίκα.
ΑΕΚ (2004-2006)
Το καλοκαίρι του 2004, στο νέο ξεκίνημα της ΑΕΚ με τον Ντέμη Νικολαΐδη στον προεδρικό θώκο, ο Σάντος κλήθηκε ξανά να αναλάβει τα ηνία της ομάδας, φέρνοντας μάλιστα τους Πάουλο Ασουνσάο και Μπρούνο Άλβες από την Πόρτο. Με τον κόσμο να στηρίζει την ομάδα και το ΟΑΚΑ να είναι σχεδόν κατάμεστο κάθε αγωνιστική (60.000 απέναντι στον Ολυμπιακό και 52.000 απέναντι στον Παναθηναϊκό), η ΑΕΚ έκανε εξαιρετική πορεία στο πρωτάθλημα, καταφέρνοντας να μη χάσει σε κανένα ντέρμπι και τις τελευταίες αγωνιστικές ήταν φαβορί για να κατακτήσει τον τίτλο. Την 28η αγωνιστική όμως, στον εντός έδρας αγώνα με τον Ιωνικό, όπου η ΑΕΚ έχανε τη μια ευκαιρία μετά την άλλη, γνώρισε την ήττα, υποχωρώντας στην τρίτη θέση. Την επόμενη αγωνιστική, στο ντέρμπι με τον Παναθηναϊκό στη Λεωφόρο, η ΑΕΚ έμεινε στο 0-0, μην καταφέρνοντας να πάρει ούτε τη δεύτερη θέση που θα την έστελνε στα προκριματικά του Champions League της επόμενης περιόδου.
Την περίοδο 2005-06 η ΑΕΚ κατάφερε τελικά να πάρει το πολυπόθητο εισιτήριο για τα προκριματικά του Champions League, τερματίζοντας δεύτερη σε ευνοϊκή ισοβαθμία με τον Παναθηναϊκό. Επίσης αγωνίστηκε στον τελικό του Κυπέλλου όπου ηττήθηκε από τον Ολυμπιακό με 3-0, ενώ στην Ευρώπη αποκλείστηκε από τη Ζενίτ. Μετά το τέλος της χρονιάς, ο Σάντος αποφάσισε να φύγει από την ομάδα.
Μπενφίκα
Δεν έμεινε όμως για πολύ χωρίς ομάδα, καθώς η Μπενφίκα του έδωσε τη θέση του προπονητή το καλοκαίρι του 2006. Στην Μπενφίκα πήρε μαζί του τον Κώστα Κατσουράνη από την ΑΕΚ, όπου πλαισιώθηκε από παίκτες όπως ο Σιμάο, ο Ρούι Κόστα, ο Νούνο Γκόμες και ο Γιώργος Καραγκούνης, σε μια ομάδα που την προηγούμενη περίοδο με προπονητή τον Ρόναλντ Κούμαν είχε φτάσει στα προημιτελικά του Champions League. Ο πρώτος αγώνας του Σάντος με την Μπενφίκα ήταν ένα φιλικό με την παλιά του ομάδα την ΑΕΚ (3-1 νίκη της ΑΕΚ στο ΟΑΚΑ). Στο πρωτάθλημα η Μπενφίκα ακολούθησε κατά πόδας την Πόρτο του Ζεσουάλδο Φερέιρα, όμως στο τέλος έμεινε τρίτη πίσω από Πόρτο και Σπόρτινγκ, μόνο δύο βαθμούς από την κορυφή. Στο Champions League έμεινε τρίτη σε έναν όμιλο με Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ, Σέλτικ Γλασκώβης και Κοπεγχάγη και συνέχισε στο ΟΥΕΦΑ όπου αποκλείστηκε στους προημιτελικούς από τη μετέπειτα φιναλίστ Εσπανιόλ του Ερνέστο Βαλβέρδε, έχοντας χάσει 3-2 στην Ισπανία και μένοντας στο 0-0 στην Πορτογαλία, σε έναν αγώνα όπου η Μπενφίκα είχε πάρα πολλές ευκαιρίες για τη νίκη και την πρόκριση.
Την επόμενη περίοδο, έπειτα από μια εκτός έδρας ισοπαλία 1-1 με τη Λεϊσόες για την πρώτη αγωνιστική, ο Σάντος απολύθηκε από τον πάγκο της Μπενφίκα.
ΠΑΟΚ
Λίγες ημέρες αργότερα ο ΠΑΟΚ, έχοντας πρόεδρο τον Θοδωρή Ζαγοράκη, άλλοτε ποδοσφαιριστή του Σάντος στην ΑΕΚ, τον προσέλαβε ως προπονητή της ομάδας. Ο δικέφαλος του Βορρά είχε πολλά προβλήματα την πρώτη χρονιά του Πορτογάλου τεχνικού στην ομάδα και βρέθηκε στην ένατη θέση με 35 βαθμούς, μην έχοντας καταφέρει να νικήσει εκτός Θεσσαλονίκης (η μόνη νίκη του ΠΑΟΚ εκτός έδρας ήταν απέναντι στον Απόλλωνα Καλαμαριάς στο Καυτανζόγλειο Στάδιο).
Την επόμενη χρονιά, με τις προσθήκες των Ζλάταν Μουσλίμοβιτς, Πάμπλο Γκαρσία, Πάμπλο Κοντρέρας, Σέρτζιο Κονσεϊσάο και Αντελίνο Βιεϊρίνια, τα πήγε εξαιρετικά, τερματίζοντας στην κανονική περίοδο στη δεύτερη θέση με 63 βαθμούς, δύο περισσότερους από τον Παναθηναϊκό, αλλά στα play off έμεινε τρίτος πίσω από Παναθηναϊκό και ΑΕΚ (τέταρτος στη γενική κατάταξη).
Η περίοδος 2009-10 βρήκε τον ΠΑΟΚ να συμμετέχει στις ευρωπαϊκές διοργανώσεις για πρώτη φορά μετά από τέσσερα χρόνια. Ο "δικέφαλος του Βορρά" προκρίθηκε απέναντι στη Βαλερένγκα, αλλά στα play off του Europa League για την πρόκριση στους ομίλους, δεν κατάφερε να προκριθεί επί της Χέρενφεν του Τροντ Σόλιντ, μένοντας και στους δύο αγώνες ισόπαλος και αποκλειόμενος λόγω του εκτός έδρας τέρματος της Χέρενφεν στην Τούμπα. Στο πρωτάθλημα ο ΠΑΟΚ στο τέλος του πρώτου γύρου ήταν δέκα βαθμούς πίσω από τον Παναθηναϊκό και οκτώ από τον Ολυμπιακό, όμως στον δεύτερο γύρο πραγματοποιώντας ένα εξαιρετικό ντεμαράζ με 11 νίκες σε 12 αγώνες, μεταξύ των οποίων το 0-1 στο "Γεώργιος Καραϊσκάκης" με τον Ολυμπιακό και το 2-1 στην Τούμπα με τον Παναθηναϊκό, που τον έφεραν δύο βαθμούς από την κορυφή πριν την 26η αγωνιστική. Ακολούθησε η εκτός έδρας ήττα από τον Άρη με 2-0 και την επόμενη αγωνιστική η ήττα μέσα στην Τούμπα από την ΑΕΚ με 0-1, τερματίζοντας τελικά τρίτος στην κανονική περίοδο πίσω από τον νταμπλούχο Παναθηναϊκό και τον Ολυμπιακό. Στα play off όμως η ομάδα βρήκε την καλύτερη φόρμα της, και τερμάτισε πρώτη με 16 βαθμούς, 7 περισσότερους από τη δεύτερη ΑΕΚ, με δύο νίκες με το ίδιο σκορ (1-0) επί του Ολυμπιακού, κερδίζοντας την έξοδο στο Champions League. Αυτή ήταν και η καλύτερη βαθμολογική θέση που είχε ο ΠΑΟΚ από την περίοδο 1984-85, χρονιά που κατέκτησε το πρωτάθλημα.
Μετά το τέλος εκείνης της απόλυτα επιτυχημένης περιόδου, ο Σάντος έλυσε το συμβόλαιό του με τον ΠΑΟΚ, έπειτα από τρία χρόνια.[1]
Εθνική Ελλάδας
Κι ενώ είχε ανακοινώσει ότι θα απέχει από τους πάγκους με σκοπό να ξεκουραστεί, το τέλος της θητείας του Ότο Ρεχάγκελ στην εθνική Ελλάδας μετά το Μουντιάλ της Ν.Αφρικής, άνοιξε το δρόμο της πρόσληψής του στην εθνική ομάδα.
Μετά από ομόφωνη απόφαση του ΔΣ της ΕΠΟ τον Αύγουστο του 2010, προσλήφθηκε ως ο νέος προπονητής της Ελλάδας και αυτός που ανέλαβε να την οδηγήσει στην αποκαλούμενη ως "μετά-Ρεχάγκελ" εποχή.[2]
Ο Σάντος ως προπονητής της Ελλάδας κατέχει το ρεκόρ των περισσότερων αγώνων χωρίς ήττα (συνολικά 17 αγώνες). Το ρεκόρ αυτό ξεκίνησε από τον πρώτο του αγώνα (στον εκτός έδρας φιλικό εναντίον της Σερβίας, στις 11 Αυγούστου 2010) και "έσπασε" στην φιλική ήττα απέναντι στη Ρουμανία με 3-1, στις 15 Νοεμβρίου 2011.
Επί των ημερών του, η Ελλάδα προκρίθηκε αήττητη στην τελική φάση του Euro 2012. Στις 15 Ιουνίου 2012 την οδήγησε σε νίκη επί της Ρωσίας με 1-0 και πρόκριση στα προημιτελικά της διοργάνωσης, όπου αντιμετώπισε τη Γερμανία και ηττήθηκε με 4-2.
Στις 19 Νοεμβρίου 2013 η Ελλάδα υπό την καθοδήγησή του εξασφάλισε τη συμμετοχή της στην τελική φάση του Μουντιάλ 2014 στη Βραζιλία, έπειτα από την πρόκριση επί της Ρουμανίας σε διπλούς αγώνες μπαράζ (3-1, 1-1),[3] ενώ στα τελικά της διοργάνωσης προκρίθηκε για πρώτη φορά στην ιστορία της στη φάση των 16. Όπως ήδη είχε κάνει γνωστό μερικούς μήνες νωρίτερα, με την ολοκλήρωση των υποχρεώσεων της Ελλάδας στη διοργάνωση αποχώρησε από τη θέση του ομοσπονδιακού προπονητή.
Εθνική Πορτογαλίας
Τον Σεπτέμβριο του 2014 ανακοινώθηκε η πρόσληψή του ως ομοσπονδιακός προπονητής της ομάδας της πατρίδας του, Πορτογαλίας, [4] με την οποία κατέκτησε το Euro 2016. Παράλληλα κατέκτησε μαζί της την πρώτη έκδοση του Nations League (2018-19), νικώντας στον τελικό την Ολλανδία, ωστόσο στα επόμενα μεγάλα τουρνουά η πορεία της ομάδας δεν ήταν εξίσου πετυχημένη. Στο Μουντιάλ του 2018 και στο Euro 2020 οι Ίβηρες αποκλείστηκαν στη φάση των «16», ενώ στο Μουντιάλ του 2022 έμειναν εκτός στα προημιτελικά από το Μαρόκο, με τον Σάντος να αφήνει εκτός αρχικής ενδεκάδας τον Κριστιάνο Ρονάλντο, όπως έπραξε και στο παιχνίδι της φάσης των «16» με την Ελβετία. Μετά την επιστροφή της Πορτογαλίας από το Κατάρ, ανακοινώθηκε η απομάκρυνση του από τον πάγκο της Εθνικής ομάδας έπειτα από μία οκταετία, έχοντας απολογισμό 67 νίκες, 23 ισοπαλίες και 18 ήττες.[5]
Εθνική Πολωνίας
Στις 24 Ιανουαρίου του 2023 ο Φερνάντο Σάντος ανέλαβε επίσημα τον πάγκο της Εθνικής Πολωνίας, υπογράφοντας συμβόλαιο συνεργασίας μέχρι το καλοκαίρι του 2026. Διαδέχτηκε τον Τσέσλαβ Μίχνιεβιτς και ανέλαβε ως πρώτο στόχο να οδηγήσει την ομάδα στα τελικά του Euro 2024.[6] Μετά από μόλις 8,5 μήνες και έξι αγώνες, αποχώρησε από τον πάγκο της Εθνικής Πολωνίας, λόγω των αρνητικών αποτελεσμάτων στα Προκριματικά του Ευρωπαϊκού Πρωταθλήματος.[7]
Εθνική Αζερμπαϊτζάν
Τον Ιούνιο του 2024 ο 70χρονος, πλέον, Φερνάντο Σάντος υπέγραψε τριετές συμβόλαιο συνεργασίας, με δυνατότητα επέκτασης ενός έτους, με την Εθνική ομάδα του Αζερμπαϊτζάν.[8]