Ο Γιάννης Μανιάτης ξεκίνησε το ποδόσφαιρο στην ακαδημία ποδοσφαίρου του Ηνίοχου Λιβαδειάς και εν συνεχεία στον Παρνασσό Αράχωβας, την περίοδο 2002-03.
Την επόμενη περίοδο (2003-04) ξεκίνησε στον Α.Ο. Θήβα και ακολούθως πήρε μετεγγραφή για τον Πανιώνιο. Πραγματοποίησε το ντεμπούτο του στην Α΄ Εθνική στις 2 Φεβρουαρίου 2005 στον εντός έδρας αγώνα εναντίον του ΟΦΗ (2-1).
Την περίοδο 2004-05 είχε οκτώ συμμετοχές, αλλά από την επόμενη περίοδο καθιερώθηκε στη βασική ενδεκάδα, ενώ υπήρξε και αρχηγός του.[2]
Ήταν βασικό στέλεχος της ομάδας του Πανιώνιου, που με προπονητή τον Έβαλντ Λίνεν τερμάτισε δύο συνεχόμενες περιόδους στην πέμπτη θέση και αγωνίστηκε σε κύπελλο ΟΥΕΦΑ και Ιντερτότο.
Οι πολύ καλές του εμφανίσεις με τον Πανιώνιο προσέλκυσαν το ενδιαφέρον του Ολυμπιακού, στον οποίο και τελικά μεταγράφηκε τον Ιανουάριο του 2011,[3] έναντι 800.000 ευρώ, καθώς το συμβόλαιό του με τον Πανιώνιο έληγε τον Ιούνιο του 2013. Με τους Πειραιώτες υπέγραψε συμβόλαιο διάρκειας 3,5 ετών, το οποίο στη συνέχεια ανανεώθηκε ως το 2017.[εκκρεμεί παραπομπή]
Την 1η Φεβρουαρίου 2016 παραχωρήθηκε ως δανεικός στη βελγική Σταντάρ Λιέγης για έξι μήνες[4] και με την ολοκλήρωση του δανεισμού επέστρεψε στον Ολυμπιακό, από τον οποίο αποχώρησε τελικά ως ελεύθερος στις 3 Φεβρουαρίου 2017.[5]
Μία εβδομάδα αργότερα, στις 10 Φεβρουαρίου 2017 ανακοινώθηκε η συμφωνία του με τον Ατρόμητο Αθηνών, όπου υπέγραψε συμβόλαιο εξάμηνης διάρκειας.[6]
Τον Ιούνιο του 2017 υπέγραψε συμβόλαιο διετούς συνεργασίας με την τουρκική Αλάνιασπορ.[7]
Στις 8 Φεβρουαρίου 2019, υπέγραψε στον Πανιώνιο, επιστρέφοντας στην ομάδα που αναδείχθηκε ως επαγγελματίας,[8] με τη φανέλα του οποίου αποχώρησε από την ενεργό δράση τον Νοέμβριο του ίδιου έτους.
Στις εθνικές ομάδες
Από το 2006 ως το 2008 ήταν βασικό στέλεχος της Ελπίδων, με την οποία έχει αγωνιστεί 14 φορές. Στις 28 Φεβρουαρίου 2010 ο Ότο Ρεχάγκελ τον κάλεσε στην Ανδρών για τον φιλικό αγώνα προετοιμασίας με τη Σενεγάλη στις 3 Μαρτίου 2010,[9] αλλά δεν αγωνίστηκε. Το ντεμπούτο του πραγματοποιήθηκε τελικά με προπονητή τον Φερνάντο Σάντος, στις 11 Αυγούστου 2010 στον νικηφόρο με 1-0 φιλικό αγώνα με τη Σερβία στο Βελιγράδι, όταν πέρασε ως αλλαγή στο 81΄ στη θέση του Λουκά Βύντρα.
Υπήρξε μέλος της αποστολής που συμμετείχε στο Μουντιάλ του 2014 στη Βραζιλία,[10] αγωνιζόμενος και τις τέσσερις φορές ως βασικός.
Ο Μανιάτης πέτυχε το μοναδικό του τέρμα με την εθνική ομάδα στις 7 Ιουνίου 2016[11] στη φιλική εκτός έδρας νίκη επί της Αυστραλίας με 2-1.