Την περίοδο 2002-03 oι ομάδες στη Γ' Εθνική αυξήθηκαν από 16 σε 20 σε σχέση με την προηγούμενη χρονιά στο πλαίσιο της αναδιάρθρωσης των κατηγοριών. Σύμφωνα με την αρχική προκήρυξη θα ανέβαιναν στη Β΄ Εθνική 2 ομάδες απευθείας και η τρίτη θα έπαιζε μπαράζ με την 14η της Β΄ Εθνικής , ενώ στα πλαίσια νέας αναδιάρθρωσης και προσθήκης 2ου ομίλου στη Γ΄ Εθνική θα υποβιβάζονταν μόνο 3 ομάδες στο Περιφερειακό πρωτάθλημα. Τελικά όμως το σχέδιο αναδιάρθρωσης αναβλήθηκε για την επόμενη χρονιά και υποβιβάστηκαν στη Δ΄ Εθνική 5 ομάδες , ενώ στη Β' ανέβηκαν τέσσερις λόγω της αδυναμίας του Ολυμπιακού Βόλου να αγωνιστεί στη Β' Εθνική.
Για τις δύο θέσεις που οδηγούσαν αρχικά στη Β΄ Εθνική πάλεψαν ο Ποσειδώνας Νέων Πόρων που αναδείχθηκε πρωταθλητής , ο Εργοτέλης που ανέβηκε τερματίζοντας 2ος και ο Λεβαδειακός που έμεινε στο νήμα 3ος και ανέβηκε τελικά μέσω μπαράζ. Τελικά ανέβηκε και η 4η Νίκη Βόλου σε βάρος του συμπολίτη της Ολυμπιακού που υποβιβάστηκε για οικονομικούς λόγους.
Στην ουρά Ναυπακτιακός Αστέρας και Α.Ο. Τρίκαλα κατέρρευσαν οικονομικά και υποβιβάστηκαν έχοντας μηδενιστεί σε 2 και 12 ματς αντίστοιχα. Ο Α.Ο. Αγ. Νικολάου τους ακολούθησε μετά από μια απογοητευτική πορεία στο 2ο γύρο. Για την αποφυγή των άλλων δύο θέσεων μονομάχησαν δυο ιστορικές ομάδες, ο Εθνικός Πειραιώς και η Α.Ε.Λ. μαζί με την Α.Ε. Χανίων και τον Βύζαντα Μεγάρων. Ο τελευταίος πέτυχε κάποιες μεγάλες νίκες, με σπουδαιότερη το 0-2 στο Αλκαζάρ και παρέμεινε στην κατηγορία. Ο Εθνικός, αντίθετα, υποβιβάστηκε μετά την ήττα από τους Κρητικούς στον Πειραιά με 0-1. Χανιά και Α.Ε.Λ. μονομάχησαν μέχρι τέλους, με την Α.Ε.Λ. να διατηρεί προβάδισμα ενός βαθμού πριν τον καθοριστικό μεταξύ τους αγώνα στα Περιβόλια. Εκεί, οι γηπεδούχοι ανέτρεψαν το σκορ από 0-2 σε 3-2, αλλά οι "βυσσινί" πήραν τελικά ισοπαλία 3-3 και απέφυγαν έναν ιστορικό υποβιβασμό στο Περιφερειακό Πρωτάθλημα, σε αντίθεση με τα Χανιά που υποβιβάστηκαν. Η 15η θέση, πάντως, που κατέλαβε τελικά η Α.Ε.Λ. παραμένει η χειρότερη στην ιστορία της.
Έπαιξαν σε ουδέτερο γήπεδο η 14η ομάδα της Β΄ με την 3η της Γ΄, δηλαδή η Καβάλα και ο Λεβαδειακός. Επικράτησε ο Λεβαδειακός στην παράταση και ανέβηκε κατηγορία.