Η Γ΄ Εθνική Κατηγορία περιόδου 2016-17 ήταν η 35η περίοδος της 3ης μεγαλύτερης βαθμίδας ποδοσφαίρου στην Ελλάδα από την επίσημη ίδρυσή της το 1982. Διεξάγεται με τη συμμετοχή 61 ομάδων που χωρίζονται σε 4 ομίλους με γεωγραφικά κριτήρια. Οι πρωταθλήτριες των τεσσάρων ομίλων προβιβάζονται στην Φούτμπολ Λιγκ. Από κάθε όμιλο που απαρτίζεται από 15 ομάδες (1ος, 3ος και 4ος όμιλος) υποβιβάζεται μόνο 1 ομάδα, ενώ από τον 2ο όμιλο που αποτελείται από 16 ομάδες υποβιβάζονται 2 ομάδες στα τοπικά πρωταθλήματα των ΕΠΣ.[1] Οι ομάδες Α.Π.Σ. Ζάκυνθος, Εθνικός Νέου Αγιονερίου και Δόξα Νέας Μανωλάδας δε δήλωσαν συμμετοχή πριν την κλήρωση των ομίλων.
↑«Αποφάσεις Π.Δ.Ε./ΕΠΟ 1-2-2017». epo.gr. ΕΠΟ. 1 Φεβρουαρίου 2017. Ανακτήθηκε στις 3 Φεβρουαρίου 2017. 2. Δεν εγκρίθηκε το αίτημα της ΑΕ Ποντίων, η οποία παραιτήθηκε της συμμετοχής της στο πρωτάθλημα της Γ΄ Εθνικής, για ειδική μετεγγραφική περίοδο 30 ημερών για τους ποδοσφαιριστές του εν λόγω σωματείου.