Bangunan stasiun terdiri atas dua bagian, yaitu sisi selatan dan sisi utara yang dua-duanya dikelola oleh KAI Commuter. Awalnya stasiun ini hanyalah sebuah bangunan tunggal di sisi selatan dan memiliki dua jalur kereta api yang keduanya merupakan sepur lurus untuk pemberhentian KRL. Sejak selesainya pembangunan percabangan jalur menuju Bandara Soekarno-Hatta, jalur di stasiun ini bertambah menjadi empat dengan jalur 1 dan 2 eksisting diubah menjadi jalur 3 dan 4. Jalur 1 dan 2 yang baru merupakan sepur lurus dari dan menuju bandara tersebut.
Bangunan stasiun sisi utara hanya melayani perjalanan KRL Bandara Soekarno-Hatta. Bangunan baru stasiun tersebut mulai beroperasi pada 26 Desember2017.[4] Sejak 18 Juli 2019, kedua bangunan tersebut terhubung dengan jembatan layang yang dapat diakses oleh pelanggan bahkan dari luar area berbayar untuk menyeberang stasiun melalui skema tarif tertentu.[5][a]
^Akses untuk "menyeberangi" area berbayar sekaligus jembatan penyeberangan untuk Commuter Line Lin Tangerang ditempuh dengan melakukan tapping in dan tapping out di Stasiun Batu Ceper serta membayar tarif Rp1,00 (satu rupiah) untuk akses hingga 15 menit. (lihat Free Out di KRL Commuter Line)