1560 року батько відправив сина за кордон для закінчення освіти. Побувавши в Парижі, Страсбурзі, віддався в Падуї старанному вивченню латинської мови, юриспруденції. Результатом його занять був твір «De Senatu Romano». Цілком ймовірно, під час перебування в Італії в його релігійних переконаннях почав відбуватися переворот, що незабаром привів його до переходу в католицизм. 23 вересня 1561 обраний «консиліяром польської нації» студентів Падуанського університету,[3] а 4 серпня 1563 року — ректором вишу[4].
Повернувшись на батьківщину, став працювати секретарем королівської канцелярії Сигізмунда II Августа, упорядкував державний архів, мав нагоду ґрунтовно познайомитися при цьому з державними законами Польщі, з різними важливими політичними документами.
Я. Замойський почав відігравати помітну роль на з'їздах і сеймах під час міжкоролів'я 1572 року. Після обрання на польський престол короля Генріха III Валуа в числі послів до нього був відправлений і він, тоді староста белзький. Йому вдалося здобути прихильність Генріха, що подарувало йому багате Книшинське староство. Під час другого міжкоролів'я Замойський став на чолі «партії п'ястівців», тобто бажаючих бачити у ролі короля поляка. Перехід його в ряди прихильників обрання Стефана Баторія пояснюється тим, що польська корона віддавалася останньому під умовою одруження із сестрою покійного короля Сигізмунда II АвгустаАнною — єдиною на той час представницею колишнього польського королівського дому.
Ім'я Я. Замойського тісно пов'язане з правлінням короля Стефана Баторія, для якого він був неоціненним помічником за своєю енергією, нелюбов'ю до магнатів, великою популярністю серед шляхти. Новий король поспішив зробити Я. Замойського віце-канцлером, канцлером, великим коронним гетьманом. Користувався відтоді небувалою в Польщі владою й значенням, поріднився із королем, вступивши в третій шлюб із племінницею Баторія — Гризельдою (1583[5]).
Був «душею» всіх проектів внутрішніх перетворень у Польщі, брав активну участь у військових походах Баторія.
Зі смертю останнього становище Я. Замойського стало важким (мав багато ворогів серед магнатів; особливо ненавиділи його Зборовські, зокрема, через страту Самійла Зборовського). Вдалося в період 3-го безкоролів'я провести обрання королевича шведського Сигізмунда III Вази (походив по матері від Ягеллонів); військо обраного другою партією в королі польські ерцгерцога австрійського Максиміліана Я. Замойський розбив у битві під Бичиною (1588 року), взяв у полон. З першої зустрічі з Сигізмундом III відчув до нього антипатію, зовсім з ним розійшовся. Зовнішній політиці короля, що знаходився під впливом Австрії, не співчував, вважав її згубною для Польщі, активно їй протидіяв. Зі своєї сторони, король заважав йому в реалізації планів.
Його проекти про видання закону щодо порядку обрання королів, як і щодо рішення справ на сеймах більшістю голосів, не зустріли підтримки; втратив свій колишній вплив. На військовому поприщі йому вдалося зробити Польщі ряд великих послуг: два походи його в Молдавію (у 1595 і 1600 роках) призвели до зміцнення впливу Речі Посполитої у цій країні. У 1601 і 1602 роках брав участь у кампанії проти повсталих воєвод із блискучим успіхом.
Чимало старань доклав для розвитку наук, активно допомагав C. Баторію в запрошенні до Польщі відомих європейських учених. З багатьма вченими й письменниками перебував у добрих стосунках, любив оточувати себе ними, чинив їм заступництво.
У 1580 році на місці свого рідного гнізда Скокувки (Скоківки) заснував м. Замостя. 1594 року: улаштував там академію за зразком італійських університетів; перебудував Красниставський замок. Процвітати академія не могла (не мала належних засобів існування). Католицька реакція, що охопила Польщу в період правління Стефана Баторія, знайшла в особі Я. Замойського сильну опору. Ввів єзуїтів у свій будинок, друга дружина — Христина з Радзивіллів — перейшла із протестантизму до католицизму під їх впливом.
.svg){kind=small}
